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万見
- PDB-2m7p: RXFP1 utilises hydrophobic moieties on a signalling surface of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m7p
タイトルRXFP1 utilises hydrophobic moieties on a signalling surface of the LDLa module to mediate receptor activation
要素Low-density lipoprotein receptor, Relaxin receptor 1
キーワードPROTEIN BINDING / RXFP1 / Relaxin / LDLA
機能・相同性
機能・相同性情報


lung connective tissue development / nipple morphogenesis / Relaxin receptors / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / parturition / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport ...lung connective tissue development / nipple morphogenesis / Relaxin receptors / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / parturition / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / myofibroblast differentiation / negative regulation of microglial cell activation / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / negative regulation of receptor recycling / low-density lipoprotein particle clearance / clathrin heavy chain binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intestinal cholesterol absorption / low-density lipoprotein particle binding / hormone binding / Chylomicron clearance / response to caloric restriction / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / LDL clearance / regulation of protein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / lipoprotein catabolic process / phospholipid transport / cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / G protein-coupled peptide receptor activity / endolysosome membrane / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of protein metabolic process / artery morphogenesis / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / amyloid-beta clearance / sorting endosome / lipoprotein particle binding / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / long-term memory / phagocytosis / Retinoid metabolism and transport / clathrin-coated pit / somatodendritic compartment / hormone-mediated signaling pathway / cholesterol metabolic process / extracellular matrix organization / receptor-mediated endocytosis / G protein-coupled receptor activity / cholesterol homeostasis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid metabolic process / positive regulation of inflammatory response / endocytosis / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / apical part of cell / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / protease binding / molecular adaptor activity / lysosome / early endosome / receptor complex / endosome membrane / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / cell surface / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...Relaxin receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Epidermal growth factor-like domain. / Leucine-rich repeat profile. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / Leucine-rich repeat / EGF-like domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor / Relaxin receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Kong, R.CK. / Petrie, E.J. / Mohanty, B. / Ling, J. / Lee, J.C.Y. / Gooley, P.R. / Bathgate, R.A.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The relaxin receptor (RXFP1) utilizes hydrophobic moieties on a signaling surface of its N-terminal low density lipoprotein class A module to mediate receptor activation.
著者: Kong, R.C.K. / Petrie, E.J. / Mohanty, B. / Ling, J. / Lee, J.C. / Gooley, P.R. / Bathgate, R.A.D.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor, Relaxin receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5902
ポリマ－4,5501
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Low-density lipoprotein receptor, Relaxin receptor 1 / LDL receptor / Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 7 / Relaxin family peptide receptor 1


分子量: 4549.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera protein of the Low Density Liproprotein receptor (LDLR_Human, UNP P01130) and Relaxin receptor 1(RXFP1_HUMAN, UNP Q9HBX9).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01130, UniProt: Q9HBX9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細BACKBONE OF THE PROTEIN IS THE SECOND LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN LDLR (LDLR_HUMAN, UNP RESIDUES ...BACKBONE OF THE PROTEIN IS THE SECOND LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN LDLR (LDLR_HUMAN, UNP RESIDUES 66-104 FROM P01130), REPLACED RESIDUES 69-81 WITH PEPTIDE FROM RELAXIN RECEPTOR 1 (RXFP1_HUMAN, UNP RESIDUES 28-39 FROM Q9HBX9)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1315D APSY-CBCA(CO)NH
1415D APSY-(HA)CA(CO)NH
1514D APSY-HACANH
1613D [1H,1H]-NOESY-15N-HSQC
1713D [1H,1H]-NOESY-13C(ali)-HSQC
1813D [1H,1H]-NOESY-13C(aro)-HSQC

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] LDLA-1, 50 mM Immidazole-2, 10 mM CaCl2-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMLDLA-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 mMImmidazole-21
10 mMCaCl2-31
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3G ntert P.精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIO2.0.2Dr. Torsten Herrmannchemical shift assignment
UNIO2.0.2Dr. Torsten Herrmannpeak picking
UNIO2.0.2Dr. Torsten Herrmann構造決定
TopSpin3BRUKERcollection
TopSpin3BRUKER解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 665 / NOE intraresidue total count: 135 / NOE long range total count: 181 / NOE medium range total count: 159 / NOE sequential total count: 190
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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