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万見
- PDB-2m7h: The C-terminal Region of Disintegrin Modulate its 3D Conformation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m7h
タイトルThe C-terminal Region of Disintegrin Modulate its 3D Conformation and Cooperate with RGD Loop in Regulating Integrin alpha-IIb beta-3 Recognition
要素Zinc metalloproteinase/disintegrin
キーワードHYDROLASE / Rhodostomin muant / RGD motif / C-terminal region mutations / integrin alpha-IIb beta-3
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. ...Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase/disintegrin
類似検索 - 構成要素
生物種Calloselasma rhodostoma (ヘビ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model8
データ登録者Chuang, W. / Chang, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The C-terminal Region of Disintegrin Modulate its 3D Conformation and Cooperate with RGD Loop in Regulating Recognitions of Integrins
著者: Chuang, W. / Chang, Y. / Shiu, J. / Chen, C. / Chen, Y.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloproteinase/disintegrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7601
ポリマ－8,7601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Zinc metalloproteinase/disintegrin / Snake venom metalloproteinase rhodostoxin / SVMP / Hemorrhagic protein / Disintegrin rhodostomin / ...Snake venom metalloproteinase rhodostoxin / SVMP / Hemorrhagic protein / Disintegrin rhodostomin / RHO / Disintegrin kistrin / Platelet aggregation activation inhibitor


分子量: 8759.756 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 408-478 / 変異: P48A,M52W,P53N,Y67N,H68P,S69W,H70N,A71G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Calloselasma rhodostoma (ヘビ) / 遺伝子: RHOD / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: P30403, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1322D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY
1533D 1H-15N NOESY
1633D 1H-15N TOCSY
1733D HNHA
1832D 1H-15N HSQC
1942D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM 2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM 2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-2, 100% D2O100% D2O
32 mM [U-15N] 2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
42 mM [U-15N] 2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mM2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-11
2 mM2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-22
2 mM2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-3[U-15N]3
2 mM2mM Rhodostomin 48ARGDWN-67NPWNG mutant-4[U-15N]4
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Biospincollection
AURELIA3.1.7Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerデータ解析
X-PLOR3.185Brunger精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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