PDB-2m7g: Structure of the Type IVa Major Pilin from the Electrically Condu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m7g

タイトル

Structure of the Type IVa Major Pilin from the Electrically Conductive Bacterial Nanowires of Geobacter sulfurreducens

要素

Geopilin domain 1 protein

キーワード

Cell Adhesion / Structural Protein / Electron Transport / pilin / PilA / bacterial nanowire / type IVa

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Geobacter sulfurreducens (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

Model details

fewest violations, model 10

データ登録者

Reardon, P.N. / Mueller, K.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Type IVa Major Pilin from the Electrically Conductive Bacterial Nanowires of Geobacter sulfurreducens.
著者: Reardon, P.N. / Mueller, K.T.

履歴

登録	2013年4月22日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m7g.cif.gz	367.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m7g.ent.gz	312 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/2m7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/2m7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2k88-d 3h7z-d 5omd-1 4cvo-d 5abs-d 4i1l-d 5aps-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19185

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Geopilin domain 1 protein

6.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Geopilin domain 1 protein 分子量: 6576.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) 株: DL-1 / KN400 / 遺伝子: KN400_1523, pila, pilA-N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: D7AIT1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HN(CA)CB
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HNHA
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM [U-13C; U-15N] PilA, 200 mM [U-2H] DHPC, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	PilA-1	[U-13C; U-15N]	1
200 mM	DHPC-2	[U-2H]	1

試料状態

pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian VNMRs	Varian	VNMRs	800	1
Varian VNMRs	Varian	VNMRs	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VnmrJ	3.2	Varian	collection
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky		Goddard	データ解析
CARA		Keller and Wuthrich	データ解析
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNSSOLVE		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 755 / NOE intraresidue total count: 172 / NOE long range total count: 1 / NOE medium range total count: 329 / NOE sequential total count: 253

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18 / Maximum upper distance constraint violation: 0.47 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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