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万見
- PDB-2m79: [Asp2,11]RTD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m79
タイトル[Asp2,11]RTD-1
要素[Asp2,11]RTD-1
キーワードCELL ADHESION / theta-defensin / cyclic peptides / cyclic cystine ladder / integrin-binding
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Conibear, A.C. / Bochen, A. / Rosengren, K. / Kessler, H. / Craik, D.J.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: The Cyclic Cystine Ladder of Theta-Defensins as a Stable, Bifunctional Scaffold: A Proof-of-Concept Study Using the Integrin-Binding RGD Motif
著者: Conibear, A.C. / Bochen, A. / Rosengren, K.J. / Stupar, P. / Wang, C. / Kessler, H. / Craik, D.J.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Asp2,11]RTD-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0951
ポリマ－2,0951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド [Asp2,11]RTD-1


分子量: 2094.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase peptide synthesis
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: High resolution NMR solution structure of a theta-defensin analogue containing the RGD integrin-binding sequence. Head-to-tail (Arg-Gly) cyclic peptide.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-13C HSQC
1412D DQF-COSY
1522D 1H-1H ECOSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [Asp2,11]RTD-1-1, 10 uM DSS-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [Asp2,11]RTD-1-3, 10 uM DSS-4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.9 mM[Asp2,11]RTD-1-11
10 uMDSS-21
0.5 mM[Asp2,11]RTD-1-32
10 uMDSS-42
試料状態pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr2.1CCPNデータ解析
CcpNmr2.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr2.1CCPNpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated using the scripts from the RECOORD database., Used to calculate preliminary structures
NMR constraintsNOE constraints total: 102 / NOE intraresidue total count: 50 / NOE long range total count: 7 / NOE medium range total count: 5 / NOE sequential total count: 40 / Hydrogen bond constraints total count: 16 / Protein chi angle constraints total count: 8 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 17 / Protein psi angle constraints total count: 15
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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