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万見
- PDB-2m6x: Structure of the p7 channel of Hepatitis C virus, genotype 5a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m6x
タイトルStructure of the p7 channel of Hepatitis C virus, genotype 5a
要素p7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cation channel
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction => GO:0039527 / : / : / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1750 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1750 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者OuYang, B. / Chou, J.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Unusual architecture of the p7 channel from hepatitis C virus
著者: OuYang, B. / Xie, S. / Berardi, M.J. / Zhao, X. / Dev, J. / Yu, W. / Sun, B. / Chou, J.J.
履歴
登録2013年4月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p7
B: p7
C: p7
D: p7
E: p7
F: p7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5726
ポリマ－40,5726
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 60structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
p7


分子量: 6762.074 Da / 分子数: 6 / 変異: T1G, A12S, C2A, C27T, C44S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: EUH1480 / Variant: genotype 5a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O39928

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCA
1213D HN(CO)CA
1313D HN(CA)CO
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D HN(COCA)CB
1723D 1H-15N NOESY
1823D 1H-13C NOESY (MET)
1923D 1H-13C NOESY (Diag Suppress)
11043D 1H-15N NOESY (mixed NOE)
11132D 1H-15N HSQC (28m CT)
1125J-scaled 15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] HCV p7 (monomer)-1, 200 mM DPC-2, 25 mM MES-3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HCV p7 (monomer)-4, 200 mM [U-2H] DPC-5, 25 mM MES-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.8 mM [U-15% 13C] HCV p7 (monomer)-7, 200 mM [U-2H] DPC-8, 25 mM MES-9, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.4 mM [U-15N; U-2H] HCV p7 (monomer)-10, 0.4 mM [U-13C] HCV p7 (monomer)-11, 200 mM [U-2H] DPC-12, 25 mM MES-13, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] HCV p7 (monomer)-14, 100 mM DPC-15, 25 mM MES-16, 4.5 % polyacrylamide gel-17, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMHCV p7 (monomer)-1[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1
200 mMDPC-21
25 mMMES-31
0.8 mMHCV p7 (monomer)-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
200 mMDPC-5[U-2H]2
25 mMMES-62
0.8 mMHCV p7 (monomer)-7[U-15% 13C]3
200 mMDPC-8[U-2H]3
25 mMMES-93
0.4 mMHCV p7 (monomer)-10[U-15N; U-2H]4
0.4 mMHCV p7 (monomer)-11[U-13C]4
200 mMDPC-12[U-2H]4
25 mMMES-134
0.2 mMHCV p7 (monomer)-14[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]5
100 mMDPC-155
25 mMMES-165
4.5 %polyacrylamide gel-175
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.noe assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1488 / NOE long range total count: 144 / Protein phi angle constraints total count: 234 / Protein psi angle constraints total count: 234
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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