PDB-2m6h: Solution structure of trans(C2-P3) trans (D5-P6) of LO959 in methanol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m6h

タイトル

Solution structure of trans(C2-P3) trans (D5-P6) of LO959 in methanol

要素

Contryphan-Lo

キーワード

TOXIN / Lo959 / Methanol

機能・相同性

Contryphan, conserved site / Contryphan family signature. / Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Contryphan-Lo

機能・相同性情報

生物種

Conus loroisii (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint, model1

データ登録者

Sonti, R.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: Conformational diversity in contryphans from Conus venom: cis-trans isomerisation and aromatic/proline interactions in the 23-membered ring of a 7-residue peptide disulfide loop.
著者: Sonti, R. / Gowd, K.H. / Rao, K.N. / Ragothama, S. / Rodriguez, A. / Perez, J.J. / Balaram, P.

履歴

登録	2013年3月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m6h.cif.gz	28.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m6h.ent.gz	20.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m6cC 2m6dC 2m6eC 2m6fC 2m6gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19133

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Contryphan-Lo

963 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint

#1: タンパク質・ペプチド	Contryphan-Lo / Lo959 分子量: 963.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus loroisii (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P0C250
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM methanol-1, methanol / 溶媒系: methanol
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: methanol-1
試料状態	温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)