PDB-2m6d: NMR solution structure of trans (major) form of In936 in water

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m6d

タイトル

NMR solution structure of trans (major) form of In936 in water

要素

Contryphan-In

キーワード

TOXIN / trans In936 / water

機能・相同性

Contryphan, conserved site / Contryphan family signature. / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Contryphan-In

機能・相同性情報

生物種

Conus inscriptus (キリンイモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint, model1

データ登録者

Sonti, R.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: Conformational diversity in contryphans from Conus venom: cis-trans isomerisation and aromatic/proline interactions in the 23-membered ring of a 7-residue peptide disulfide loop.
著者: Sonti, R. / Gowd, K.H. / Rao, K.N. / Ragothama, S. / Rodriguez, A. / Perez, J.J. / Balaram, P.

履歴

登録	2013年3月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m6d.cif.gz	28.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m6d.ent.gz	21.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2m6d_validation.pdf.gz	401.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2m6d_full_validation.pdf.gz	415.9 KB	表示
XML形式データ	2m6d_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	2m6d_validation.cif.gz	5.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/2m6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2m6cC 2m6eC 2m6fC 2m6gC 2m6hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19129

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Contryphan-In

940 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint

#1: タンパク質・ペプチド	Contryphan-In 分子量: 940.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus inscriptus (キリンイモ) / 参照: UniProt: P0C249

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 3 mM TSP-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 3 mM / 構成要素: TSP-1
試料状態	温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA			精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: with the good disulfide sidechain dihedral angle constraint

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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