[日本語] English
万見
- PDB-2m5v: Three-dimensional structure of human NLRP10/PYNOD pyrin domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5v
タイトルThree-dimensional structure of human NLRP10/PYNOD pyrin domain
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 10
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLRP10 / PYNOD / pyrin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to bacterium / positive regulation of interleukin-1 alpha production / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of T-helper 17 type immune response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-8 production / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production ...positive regulation of defense response to bacterium / positive regulation of interleukin-1 alpha production / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of T-helper 17 type immune response / defense response to fungus / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-8 production / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / nuclear membrane / adaptive immune response / inflammatory response / innate immune response / GTPase activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...: / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Death-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Su, M.Y. / Chang, C.F. / Chang, C.I.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Three-Dimensional Structure of Human NLRP10/PYNOD Pyrin Domain Reveals a Homotypic Interaction Site Distinct from Its Mouse Homologue.
著者: Su, M.Y. / Kuo, C.I. / Chang, C.F. / Chang, C.I.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2012
タイトル: (1)H, (13)C and (15)N resonance assignments of the pyrin domain from human PYNOD.
著者: Su, M.Y. / Chang, C.I. / Chang, C.F.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年7月31日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5831
ポリマ－11,5831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 10 / Nucleotide-binding oligomerization domain protein 8


分子量: 11582.622 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP10, NALP10, NOD8, PYNOD / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86W26

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D H(CCO)NH
11113D 1H-15N TOCSY
11213D HBHA(CO)NH
11313D HN(CO)CA

-
試料調製

詳細内容: 0.2 mM [U-13C; U-15N] PYNOD PYD, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.2 mM / 構成要素: PYNOD PYD-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 140 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

-
解析

NMR software名称: CYANA / 分類: 精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 969 / NOE intraresidue total count: 525 / NOE medium range total count: 179 / NOE sequential total count: 265
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る