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- PDB-2m5o: Solution NMR Structure CTD domain of NFU1 Iron-Sulfur Cluster Sca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5o
タイトルSolution NMR Structure CTD domain of NFU1 Iron-Sulfur Cluster Scaffold Homolog from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR2876C
要素NFU1 iron-sulfur cluster scaffold homolog, mitochondrial
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Protein NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Mitochondrial Protein Partnership / MPP
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein lipoylation / iron-sulfur cluster assembly / protein maturation / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial matrix / iron ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
NIF system FeS cluster assembly, NifU, C-terminal / NifU-like domain / Scaffold protein Nfu/NifU, N-terminal / Scaffold protein Nfu/NifU, N-terminal domain superfamily / Scaffold protein Nfu/NifU N terminal / Scaffold protein Nfu/NifU N terminal / Fe-S cluster assembly (FSCA) / Fe-S cluster assembly domain superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NFU1 iron-sulfur cluster scaffold homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, null
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Pederson, K. / Huang, Y.J. ...Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Pederson, K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Mitochondrial Protein Partnership (MPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure CTD domain of NFU1 Iron-Sulfur Cluster Scaffold Homolog from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR2876C
著者: Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Hamilton, K. / Shastry, R. / Kohan, E. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Pederson, K. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T.
履歴
登録2013年3月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NFU1 iron-sulfur cluster scaffold homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8181
ポリマ－10,8181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 NFU1 iron-sulfur cluster scaffold homolog, mitochondrial / HIRA-interacting protein 5


分子量: 10818.056 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 162-247 / 変異: E168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Construct id: HR2876C-162-247-15.3 / 遺伝子: CGI-33, HIRIP5, NFU1 / プラスミド: pET15_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q9UMS0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1333D HNCO
1433D CBCA(CO)NH
1533D HN(CA)CB
1633D 1H-13C arom NOESY
1733D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1812D 1H-15N HSQC
1933D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR2876C.003, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR2876C.003, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR2876C.003, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 1.0 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR2876C.006, 5 mM DTT, 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.02 % NaN3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMHR2876C.003-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
5 mMDTT-21
100 mMNaCl-31
10 mMTris-HCl pH 7.5-41
0.02 %NaN3-51
1.0 mMHR2876C.006-6[U-10% 13C; U-100% 15N]1
5 mMDTT-71
100 mMNaCl-81
10 mMTris-HCl pH 7.5-91
0.02 %NaN3-101
1.0 mMHR2876C.006-11[U-10% 13C; U-100% 15N]1
5 mMDTT-121
100 mMNaCl-131
10 mMTris-HCl pH 7.5-141
0.02 %NaN3-151
1.0 mMHR2876C.003-16[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMDTT-172
100 mMNaCl-182
10 mMTris-HCl pH 7.5-192
0.02 %NaN3-202
1.0 mMHR2876C.006-21[U-10% 13C; U-100% 15N]2
5 mMDTT-222
100 mMNaCl-232
10 mMTris-HCl pH 7.5-242
0.02 %NaN3-252
1.0 mMHR2876C.006-26[U-10% 13C; U-100% 15N]2
5 mMDTT-272
100 mMNaCl-282
10 mMTris-HCl pH 7.5-292
0.02 %NaN3-302
1.0 mMHR2876C.003-31[U-100% 13C; U-100% 15N]3
5 mMDTT-323
100 mMNaCl-333
10 mMTris-HCl pH 7.5-343
0.02 %NaN3-353
1.0 mMHR2876C.006-36[U-10% 13C; U-100% 15N]3
5 mMDTT-373
100 mMNaCl-383
10 mMTris-HCl pH 7.5-393
0.02 %NaN3-403
1.0 mMHR2876C.006-41[U-10% 13C; U-100% 15N]3
5 mMDTT-423
100 mMNaCl-433
10 mMTris-HCl pH 7.5-443
0.02 %NaN3-453
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.data analysis,peak picking,chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
REDCATValafar, Prestegardgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
CYANA精密化
CNS精密化
AutoStructure精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, null
ソフトェア番号: 1 / 詳細: null, null
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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