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- PDB-2m5c: Solution Structure of the Bacillus cereus Metallo-Beta-Lactamase BcII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m5c
タイトルSolution Structure of the Bacillus cereus Metallo-Beta-Lactamase BcII
要素Beta-lactamase 2
キーワードHYDROLASE / BcII / Metallo-Beta-Lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Karsisiotis, A.I. / Damblon, C.F. / Roberts, G.C.K.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Solution structures of the Bacillus cereus metallo-beta-lactamase BcII and its complex with the broad spectrum inhibitor R-thiomandelic acid.
著者: Karsisiotis, A.I. / Damblon, C.F. / Roberts, G.C.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2013
タイトル: Complete (1)H, (15)N and (13)C resonance assignments of Bacillus cereus metallo-beta-lactamase and its complex with the inhibitor R-thiomandelic acid
著者: Karsisiotis, A.I. / Damblon, C.F. / Roberts, G.C.K.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1263
ポリマ－24,9961
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase 2 / BcII / Beta-lactamase II / Cephalosporinase / Penicillinase


分子量: 24995.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: 569/H / 遺伝子: blm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC aliphatic
1422D 1H-13C HSQC aromatic
1523D CBCA(CO)NH
1623D HN(CA)CB
1723D HBHA(CO)NH
1823D HBHANH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH-TOCSY
11123D HNCA
11223D HN(CO)CA
11323D HNCO
11423D HN(CA)CO
11513D 1H-15N NOESY
11623D 1H-13C NOESY aliphatic
11723D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 15N] BcII-1, 20 mM MES-2, 0.2 mM Zinc Chloride-3, 100 mM sodium chloride-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] BcII-5, 20 mM MES-6, 0.2 mM Zinc Chloride-7, 100 mM sodium chloride-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBcII-1[U-99% 15N]1
20 mMMES-21
0.2 mMZinc Chloride-31
100 mMsodium chloride-41
1 mMBcII-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMMES-62
0.2 mMZinc Chloride-72
100 mMsodium chloride-82
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Varian INOVAVarianINOVA8004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichautomated noe assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
XwinNMRBruker Biospincollection
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造検証
WHAT IFVriend構造検証
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The refinement protocol used consisted of five cycles of simulated annealing with a high start temperature (8000 K) and a gradual slow cooling to a low temperature (100 K) in a large number ...詳細: The refinement protocol used consisted of five cycles of simulated annealing with a high start temperature (8000 K) and a gradual slow cooling to a low temperature (100 K) in a large number of steps (20,000). This standard torsion angle based simulating annealing protocol with all constraints applied simultaneously is combined with cycles of redundant dihedral angle constraints (REDAC; Guntert and Wuthrich, 1991). Several cycles of this combined refinement protocol, which eliminates violations and progressively reduces target function values while improving local and overall quality, were used to generate the final converged structures. Out of an ensemble of 100 converged structures generated, the 20 best (lowest CYANA target function during refinement) structures were selected.
NMR constraintsNOE constraints total: 7190 / NOE long range total count: 2912 / NOE medium range total count: 1277 / NOE sequential total count: 3001
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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