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万見
- PDB-2m57: NMR solution structure of domain 5 from Azotobacter vinelandii In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m57
タイトルNMR solution structure of domain 5 from Azotobacter vinelandii Intron 5 at pH 7.8
要素RNA_(35-MER)
キーワードRNA / ribozyme / group II intron / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Pechlaner, M. / Donghi, D. / Zelenay, V. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Protonation-Dependent Base Flipping at Neutral pH in the Catalytic Triad of a Self-Splicing Bacterial Group II Intron.
著者: Pechlaner, M. / Donghi, D. / Zelenay, V. / Sigel, R.K.
履歴
登録2013年2月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.32025年3月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA_(35-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2691
ポリマ－11,2691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA_(35-MER)


分子量: 11268.708 Da / 分子数: 1 / 断片: group II intron Domain 5 (D5) / 由来タイプ: 合成
詳細: the sequence occurs naturally as part of Intron 5 from A.vinelandii and was transcribed in vitro using T7 RNA polymerase from a dsDNA template
由来: (合成) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1252D 1H-1H NOESY
2322D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
2542D 1H-15N HSQC
1632D 1H-13C HSQC aromatic
1732D 1H-13C HSQC aliphatic
2842D JNN HNN COSY
3912D 1H-1H NOESY
41012D 1H-1H NOESY
51122D 1H-1H NOESY
61222D 1H-1H NOESY
31332D 1H-13C HSQC aromatic
41432D 1H-13C HSQC aromatic
41532D 1H-13C HSQC aliphatic
51642D 1H-15N HSQC
61742D 1H-15N HSQC
51842D JNN HNN COSY
61942D JNN HNN COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM RNA (35-MER), 60 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
20.5-1 mM RNA (35-MER), 60 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-1 mM [100% 13C; 100% 15N] RNA (35-MER), 60 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
40.5-1 mM [100% 13C; 100% 15N] RNA (35-MER), 60 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.5-1 mM [3',4',5',5'',5]-100% 2D RNA (35-MER), 60 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRNA (35-MER)-10.5-11
60 mMpotassium chloride-21
10 uMEDTA-31
mMRNA (35-MER)-40.5-12
60 mMpotassium chloride-52
10 uMEDTA-62
mMRNA (35-MER)-7[100% 13C; 100% 15N]0.5-13
60 mMpotassium chloride-83
10 uMEDTA-93
mMRNA (35-MER)-10[100% 13C; 100% 15N]0.5-14
60 mMpotassium chloride-114
10 uMEDTA-124
mMRNA (35-MER)-13[3',4',5',5'',5]-100% 2D0.5-15
60 mMpotassium chloride-145
10 uMEDTA-155
試料状態
Conditions-IDイオン強度圧 (kPa)温度 (K)pH
160ambient 300 K
260ambient 275 K7.8
560ambient 275 K5.2
660ambient 275 K6.7

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
TopSpin3.0.aBruker Biospin解析
TopSpin3.0.aBruker Biospinデータ解析
CurvesLaveryデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 660 / NOE intraresidue total count: 238 / NOE long range total count: 98 / NOE medium range total count: 14 / NOE sequential total count: 310 / Hydrogen bond constraints total count: 56
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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