PDB-2m4q: NMR structure of E. coli ribosomela decoding site with apramycin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m4q

タイトル

NMR structure of E. coli ribosomela decoding site with apramycin

要素

RNA (27-MER)

キーワード

RNA/antibiotic / RNA / antibiotic / decoding site / aminoglycoside / apramycin / RNA-antibiotic complex

機能・相同性

APRAMYCIN / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Puglisi, J.D. / Tsai, A. / Marshall, R. / Viani, E.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: The impact of aminoglycosides on the dynamics of translation elongation.
著者: Tsai, A. / Uemura, S. / Johansson, M. / Puglisi, E.V. / Marshall, R.A. / Aitken, C.E. / Korlach, J. / Ehrenberg, M. / Puglisi, J.D.

履歴

登録	2013年2月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m4q.cif.gz	188.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m4q.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2m4q_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2m4q_full_validation.pdf.gz	528.3 KB	表示
XML形式データ	2m4q_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	2m4q_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/2m4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/2m4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a93-d 1kxs-d 1fqz-d 4owi-d 3a5t-3 1rnk-d 1bn9-d 1kp7-d 1q93-3 2ljj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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#121 - 2010年1月
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リボスイッチ (Riboswitches)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

1: RNA (27-MER)

ヘテロ分子

9.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA (27-MER) 分子量: 8656.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-AM2 / APRAMYCIN / NEBRAMYCIN II / 4-O-(3ALPHA-AMINO-6ALPHA-((4-AMINO-4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY)-2,3,4,5ABETA,6,7,8,8AALPHA-OCTAHYDRO-8BETA-HYDROXY-7BETA-(METHYLAMINO)PYRANO(3,2-B)PYRAN-2ALPHA-YL)-2-DEOXY-D-STREPTAMINE 分子量: 539.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₁N₅O₁₁ / コメント: 抗生剤*YM

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	2D DQF-COSY
1	2	2	2D 1H-1H NOESY
1	3	2	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	1	2D 1H-13C HSQC
1	6	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	7	1	3D (H)CCH-COSY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	9	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA, 0.5-1 mM APRAMYCIN, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.5-1 mM RNA, 0.5-1 mM APRAMYCIN, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
mM	RNA-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	0.5-1	1
mM	APRAMYCIN-2		0.5-1	1
mM	RNA-3		0.5-1	2
mM	APRAMYCIN-4		0.5-1	2

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NA beta-angle constraints total count: 16 / NA chi-angle constraints total count: 27 / NA epsilon-angle constraints total count: 19 / NA sugar pucker constraints total count: 26 / NOE constraints total: 626 / NOE intraresidue total count: 190
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10
NMR ensemble rms	Distance rms dev: 0.025 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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