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万見
- PDB-2m3x: Solution structure of Ph1500: a homohexameric protein centered on... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3x
タイトルSolution structure of Ph1500: a homohexameric protein centered on a 12-bladed beta-propeller
要素PH1500
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-propeller / 12-bladed / homohexamer / beta-clam
機能・相同性
機能・相同性情報


Thrombin, subunit H - #360 / : / Domain of unknown function (DUF6849) / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Thrombin, subunit H ...Thrombin, subunit H - #360 / : / Domain of unknown function (DUF6849) / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / Thrombin, subunit H / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CDC48 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Varnay, I. / Truffault, V. / Kessler, H. / Coles, M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of Ph1500: a homohexameric protein centered on a 12-bladed beta-propeller
著者: Ammelburg, M. / Schiff, J. / Hartmann, M.D. / Varnay, I. / Djuranovic, S. / Truffault, V. / Martin, J. / Coles, M. / Lupas, A.N.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Optimized measurement temperature gives access to the solution structure of a 49 kDa homohexameric -propeller
著者: Varnay, I. / Truffault, V. / Djuranovic, S.D. / Ursinus, A. / Coles, M. / Kessler, H.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PH1500
B: PH1500
C: PH1500
D: PH1500
E: PH1500
F: PH1500


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3726
ポリマ－100,3726
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11488.1 Å2
ΔGint-70.6 kcal/mol
Surface area58289 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質
PH1500


分子量: 16728.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59169

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D HNCO
1233D HN(CA)CB
1333D CBCA(CO)NH
1443D HNHA
1543D HNHB
1643D 1H-15N NOESY
1743D NNH-NOESY
1833D CNH-NOESY
1933D 1H-13C NOESY
11033D CCH-NOESY
11142D 15N-filtered 1H-1H NOESY
31223D trHNCO
31323D trHN(CA)CO
31423D trHNCA
31523D trHNCACB
21613D trHNCO
21713D trHNCA
21813D trHN(CA)CO
21913D HN(CA)HA
22013D (H)CCH-TOCSY
22113D (H)CCH-COSY
22213D (H)CCH-COSY
22332D 15N-filtered 1H-1H NOESY
22413D 1H-15N NOESY
22513D NNH-NOESY
22613D CNH-NOESY
22713D 1H-13C NOESY
22813D CCH-NOESY
22952D 1H-15N TROSY
23022D 1H-15N CRINEPT
13133D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ph1500C, 20 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-85% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Ph1500C, 20 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ph1500N, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM [U-100% 15N] Ph1500N, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.6 mM [U-85% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Ph1500, 20 mM sodium phosphate, 250 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMPh1500C-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
250 mMsodium chloride-31
0.6 mMPh1500C-4[U-85% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-52
250 mMsodium chloride-62
1.0 mMPh1500N-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphate-83
50 mMsodium chloride-93
1.0 mMPh1500N-10[U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate-114
50 mMsodium chloride-124
0.6 mMPh1500-13[U-85% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphate-145
250 mMsodium chloride-155
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 7.0 ambient 300 K
2250 7.2 ambient 353 K
3250 7.2 ambient 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DMXBrukerDMX9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
XwinNMR3.6Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
X-PLOR NIH2.2.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.2.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement is asymmetric. Each monomer has independent restraints and no symmetry operation is applied
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 100 / Protein other angle constraints total count: 47 / Protein phi angle constraints total count: 131 / Protein psi angle constraints total count: 136
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.04 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.14 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0047 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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