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万見
- PDB-2m3w: Protein structure determination from a set of 4D NOESY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3w
タイトルProtein structure determination from a set of 4D NOESY
要素Protein S100-A1
キーワードSIGNALING PROTEIN / non uniform sampling / 4D NOESY with diagonal suppression / calcium binding protein / S100A1 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RAGE receptor binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity ...RAGE receptor binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of heart contraction / positive regulation of sprouting angiogenesis / substantia nigra development / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / sarcoplasmic reticulum / calcium-dependent protein binding / ER-Phagosome pathway / ATPase binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-A1 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Nowakowski, M.E. / Stanek, J. / Ruszczynska-Bartnik, K. / Ejchart, A.O. / Kozminski, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Determination of protein structure from a set of 4D NOESY performed with non uniform sampling
著者: Nowakowski, M.E. / Stanek, J. / Ruszczynska-Bartnik, K. / Ejchart, A. / Kozminski, W.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A1
B: Protein S100-A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8492
ポリマ－20,8492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 97structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A1 / S-100 protein alpha chain / S-100 protein subunit alpha / S100 calcium-binding protein A1


分子量: 10424.603 Da / 分子数: 2 / 変異: E32Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A1, S100A / プラスミド: pET30a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23297

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure derived from constraints obtained from 4D NOESY dataset. Experiments were performed with diagonal suppression and non uniform sampling.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C-HMQC-NOESY-15N-HSQC
1214D 13C-HMQC-NOESY-13C-HSQC with diagonal suppression
1314D 13C(ali)-HMQC-NOESY-13C(aro)-HSQC
1412D 1H-15N HSQC
1512D 1H-13C HSQC aliphatic
1612D 1H-13C HSQC aromatic
1713D CBCA(CO)NH
1813D C(CO)NH
1913D HNCO
11013D HNCA
11113D HN(CA)CB
11213D HBHA(CO)NH
11314D (H)CCH TOCSY
NMR実験の詳細Text: All 4D experiments were performed with non uniform sampling

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] S100A1 E32Q, 10 % D2O, 90 % H2O, 50 mM [U-100% 2H] TSP, 1 mM EDTA, 0.1 mM sodium azide, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMS100A1 E32Q-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 %D2O-21
90 %H2O-31
50 mMTSP-4[U-100% 2H]1
1 mMEDTA-51
0.1 mMsodium azide-61
50 mMsodium chloride-71
試料状態pH: 7.2 / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System7001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3.112Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: standrad sa.inp xplor protocol
NMR constraintsNOE constraints total: 3844 / NOE intraresidue total count: 1866 / NOE long range total count: 770 / NOE medium range total count: 886
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 97 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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