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万見
- PDB-2m30: Solution NMR refinement of a metal ion bound protein using quantu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m30
タイトルSolution NMR refinement of a metal ion bound protein using quantum mechanical/molecular mechanical and molecular dynamics methods
要素Repressor protein
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR / metal ion refinement
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator / Repressor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, quantum mechanical molecular mechanical molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Chakravorty, D.K. / Wang, B.I. / Lee, C.I. / Guerra, A.J. / Giedroc, D.P. / Merz Jr., K.M. / Arunkumar, A.I. / Pennella, M. / Kong, X.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2013
タイトル: Solution NMR refinement of a metal ion bound protein using metal ion inclusive restrained molecular dynamics methods.
著者: Chakravorty, D.K. / Wang, B. / Lee, C.W. / Guerra, A.J. / Giedroc, D.P. / Merz, K.M.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor protein
B: Repressor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1464
ポリマ－24,0152
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3229 Å2
ΔGint-95.8 kcal/mol
Surface area11085 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 132000Structures from 1 ns of independent QM/MM MD sampling
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Repressor protein


分子量: 12007.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: czrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A4C3, UniProt: O85142*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Refinement of the metal ion coordination in zinc-bound CzrA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY
1212D 1H-13C HMQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D HNCO
1812D 1H-15N IPAP-HSQC
1913D 1H-15N NOESY-TROSY
NMR実験の詳細Text: Residual Dipolar Couplings were measured in anisotropic environment using phage or gels.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CzrA, 2.4 mM Zinc ion, 10 mM [U-100% 2H] MES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
22 mM [U-2H; U-15N]; [U-13C]-Ile,Leu,Val-methyl CzrA, 2.4 mM Zinc ion, 10 mM [U-100% 2H] MES, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMCzrA-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.4 mMZinc ion-21
10 mMMES-3[U-100% 2H]1
50 mMsodium chloride-41
2 mMCzrA-5[U-2H; U-15N]; [U-13C]-Ile,Leu,Val-methyl2
2.4 mMZinc ion-62
10 mMMES-7[U-100% 2H]2
50 mMsodium chloride-82
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
MARS(MARS)-Jung and Zweckstetterchemical shift assignment
Amber11David Case et al.構造決定
Amber11David Case et al.精密化
Amber11David Case et al.geometry optimization
Amber11David Case et al.データ解析
精密化手法: molecular dynamics, quantum mechanical molecular mechanical molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 132 ns of combined NOE and RDC constrained molecular dynamics and quantum mechanical / molecular mechanical molecular dynamics
NMR constraintsNOE constraints total: 756 / NOE intraresidue total count: 24 / NOE long range total count: 188 / NOE medium range total count: 292 / NOE sequential total count: 252
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Structures from 1 ns of independent QM/MM MD sampling
計算したコンフォーマーの数: 132000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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