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万見
- PDB-2m2d: Human programmed cell death 1 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m2d
タイトルHuman programmed cell death 1 receptor
要素Programmed cell death protein 1
キーワードAPOPTOSIS / PD-1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of T cell activation / positive regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / humoral immune response / Co-inhibition by PD-1 / regulation of immune response / signaling receptor activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Programmed cell death protein 1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 11
データ登録者Veverka, V. / Cheng, X. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Morgan, S. / Lesley, A. / Griffiths, M. / Stubberfield, C. / Griffin, R. / Henry, A.J. ...Veverka, V. / Cheng, X. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Morgan, S. / Lesley, A. / Griffiths, M. / Stubberfield, C. / Griffin, R. / Henry, A.J. / Robinson, M.K. / Jansson, A. / Ladbury, J.E. / Ikemizu, S. / Davis, S.J. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure and interactions of the human programmed cell death 1 receptor.
著者: Cheng, X. / Veverka, V. / Radhakrishnan, A. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Morgan, S.H. / Huo, J. / Yu, C. / Evans, E.J. / Leslie, A.J. / Griffiths, M. / Stubberfield, C. / Griffin, R. / ...著者: Cheng, X. / Veverka, V. / Radhakrishnan, A. / Waters, L.C. / Muskett, F.W. / Morgan, S.H. / Huo, J. / Yu, C. / Evans, E.J. / Leslie, A.J. / Griffiths, M. / Stubberfield, C. / Griffin, R. / Henry, A.J. / Jansson, A. / Ladbury, J.E. / Ikemizu, S. / Carr, M.D. / Davis, S.J.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2461
ポリマ－13,2461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / Protein PD-1 / hPD-1


分子量: 13245.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1332D 1H-1H TOCSY
1432D 1H-1H NOESY
1523D HN(CA)CB
1623D CBCA(CO)NH
1723D HNCO
1823D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N TOCSY
11023D 1H-13C NOESY
11113D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-15N] protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5 mM protein, 25 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMprotein-1[U-15N]1
25 mMpotassium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
0.5 mMprotein-4[U-13C; U-15N]2
25 mMpotassium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
0.5 mMprotein-73
25 mMpotassium phosphate-83
100 mMsodium chloride-93
試料状態イオン強度: 0.125 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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