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万見
- PDB-2m23: NMR solution structure of the d3'-hairpin of the group II intron ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m23
タイトルNMR solution structure of the d3'-hairpin of the group II intron Sc.ai5gamma including EBS1 bound to IBS1
要素
  • RNA (29-MER)
  • RNA_(5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')_
キーワードRNA / group II intron / ribozyme / hairpin / EBS1 / IBS1 / splicing / 5'-splice site
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kruschel, D. / Skilandat, M. / Sigel, R.K.O.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: NMR structure of the 5' splice site in the group IIB intron Sc.ai5 gamma--conformational requirements for exon-intron recognition.
著者: Kruschel, D. / Skilandat, M. / Sigel, R.K.
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
置き換え2014年4月16日ID: 2K64
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)
B: RNA_(5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')_


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4992
ポリマ－11,4992
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area894 Å2
ΔGint-2.8 kcal/mol
Surface area6209 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9301.547 Da / 分子数: 1 / 断片: d3'EBS1 / 変異: A15C, A17C / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence produced by in-vitro transcription from a synthetic dsDNA template using T7 RNA-polymerase
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 RNA_(5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')_


分子量: 2197.355 Da / 分子数: 1 / 断片: IBS1 / 変異: U61G, U63G / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1452D 1H-1H NOESY
1542D 1H-13C HSQC aliphatic
1662D 1H-13C HSQC aliphatic
2742D 1H-15N HSQC
1842D 1H-13C HSQC aromatic
1962D 1H-13C HSQC aromatic
11032D 1H-13C HSQC aliphatic
11132D 1H-13C HSQC aromatic
21222D 1H-1H NOESY
21322D 1H-1H NOESY
31422D 1H-1H NOESY
21542D JNN HNN COSY
11611D-31P
1174F1,2 X-filtered 1H-1H NOESY
1184F1,2 X-filtered 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.9 mM RNA (29-MER), 0.5-0.9 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
20.5-0.9 mM RNA (29-MER), 0.5-0.9 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 0.5 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
40.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 0.5 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
50.6 mM [3',4',5',5'',5-100% 2H] RNA (29-MER), 0.6 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 100% D2O100% D2O
60.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (29-MER), 0.5 mM RNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3'), 110 mM potassium chloride, 10 uM EDTA, 25.6 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMRNA (29-MER)-10.5-0.91
mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-20.5-0.91
110 mMpotassium chloride-31
10 uMEDTA-41
mMRNA (29-MER)-50.5-0.92
mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-60.5-0.92
110 mMpotassium chloride-72
10 uMEDTA-82
0.5 mMRNA (29-MER)-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.5 mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-103
110 mMpotassium chloride-113
10 uMEDTA-123
0.5 mMRNA (29-MER)-13[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.5 mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-144
110 mMpotassium chloride-154
10 uMEDTA-164
0.6 mMRNA (29-MER)-17[3',4',5',5'',5-100% 2H]5
0.6 mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-185
110 mMpotassium chloride-195
10 uMEDTA-205
0.5 mMRNA (29-MER)-21[U-100% 13C; U-100% 15N]6
0.5 mMRNA (5'-R(*CP*AP*GP*UP*GP*UP*C)-3')-226
110 mMpotassium chloride-236
10 uMEDTA-246
25.6 mg/mLPf1 phage-256
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11106.8ambient 298 K
21106.8ambient 278 K
31106.8ambient 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
Sparky3.1Goddardデータ解析
Sparky3.1Goddardpeak picking
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospincollection
TopSpin1.3, 2.0, 2.1Bruker Biospin解析
DYANA1.5Guntert, Braun and Wuthrichデータ解析
CNSSOLVE1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 34 / NA beta-angle constraints total count: 27 / NA chi-angle constraints total count: 36 / NA delta-angle constraints total count: 32 / NA epsilon-angle constraints total count: 28 / NA gamma-angle constraints total count: 28 / NA other-angle constraints total count: 33 / NA sugar pucker constraints total count: 96 / NOE constraints total: 747 / NOE intraresidue total count: 250 / NOE sequential total count: 348 / Hydrogen bond constraints total count: 82
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.2 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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