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万見
- PDB-2m0p: Solution structure of the tenth complement type repeat of human m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m0p
タイトルSolution structure of the tenth complement type repeat of human megalin
要素Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Complement type repeat / receptor / megalin / ldl receptor family / lrp2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / folate import across plasma membrane / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / ventricular compact myocardium morphogenesis / response to leptin / metal ion transport / protein transporter activity ...: / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / folate import across plasma membrane / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / ventricular compact myocardium morphogenesis / response to leptin / metal ion transport / protein transporter activity / Vitamin D (calciferol) metabolism / vitamin D metabolic process / clathrin-coated vesicle membrane / neuron projection arborization / coronary artery morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / membrane organization / insulin-like growth factor I binding / transcytosis / aorta development / retinoid metabolic process / ventricular septum development / positive regulation of neurogenesis / amyloid-beta clearance / vagina development / endocytic vesicle / negative regulation of BMP signaling pathway / transport across blood-brain barrier / Retinoid metabolism and transport / clathrin-coated pit / forebrain development / receptor-mediated endocytosis / kidney development / neural tube closure / endosome lumen / brush border membrane / sensory perception of sound / lipid metabolic process / cellular response to growth factor stimulus / SH3 domain binding / endocytosis / male gonad development / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / cell population proliferation / membrane => GO:0016020 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / lysosome / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / axon / lysosomal membrane / dendrite / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site ...Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Calcium-binding EGF domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dagil, R. / Kragelund, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Gentamicin binds to the megalin receptor as a competitive inhibitor using the common ligand binding motif of complement type repeats: insight from the nmr structure of the 10th ...タイトル: Gentamicin binds to the megalin receptor as a competitive inhibitor using the common ligand binding motif of complement type repeats: insight from the nmr structure of the 10th complement type repeat domain alone and in complex with gentamicin.
著者: Dagil, R. / O'Shea, C. / Nykjar, A. / Bonvin, A.M. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2012年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9142
ポリマ－5,8741
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / LRP-2 / Glycoprotein 330 / gp330 / Megalin


分子量: 5874.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP2 / プラスミド: pPICaC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P98164
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY aromatic
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D C(CO)NH
1813D CBCA(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11013D HN(CO)CA
11123D 1H-13C NOESY aliphatic
11222D 1H-13C NOESY aromatic
11313D H(CCO)NH
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR10, 100 mM sodium chloride, 50 mM calcium chloride, 50 mM TRIS, 0.1 mM DSS, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR10, 50 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 50 mM TRIS, 0.1 mM DSS, 0.1 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMCR10-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
50 mMcalcium chloride-31
50 mMTRIS-41
0.1 mMDSS-51
0.1 %sodium azide-61
0.6 mMCR10-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMcalcium chloride-82
100 mMsodium chloride-92
50 mMTRIS-102
0.1 mMDSS-112
0.1 %sodium azide-122
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis2.2CCPNchemical shift assignment
Analysis2.2CCPNpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 555 / NOE intraresidue total count: 273 / NOE long range total count: 101 / NOE medium range total count: 87 / NOE sequential total count: 94 / Disulfide bond constraints total count: 3 / Hydrogen bond constraints total count: 15 / Protein phi angle constraints total count: 21 / Protein psi angle constraints total count: 17
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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