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万見
- PDB-2m0a: Solution structure of MHV nsp3a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m0a
タイトルSolution structure of MHV nsp3a
要素Non-structural protein 3
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / cytoplasmic viral factory / self proteolysis / host cell membrane / viral genome replication / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...cysteine-type deubiquitinase activity => GO:0004843 / cytoplasmic viral factory / self proteolysis / host cell membrane / viral genome replication / SARS coronavirus main proteinase / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / membrane => GO:0016020 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #350 / Peptidase C30/C16, Betacoronavirus / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / Peptidase C16 family / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus ...Ubiquitin-like (UB roll) - #350 / Peptidase C30/C16, Betacoronavirus / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / Peptidase C16 family / Betacoronavirus, lineage A, NSP1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Roll / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Keane, S.C. / Giedroc, D.P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of Mouse Hepatitis Virus (MHV) nsp3a and Determinants of the Interaction with MHV Nucleocapsid (N) Protein.
著者: Keane, S.C. / Giedroc, D.P.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6381
ポリマ－12,6381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 3 / nsp3 / PL1-PRO/PL2-PRO / PL1/PL2 / Papain-like proteinases 1/2 / p210


分子量: 12638.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine hepatitis virus (マウス肝炎ウイルス)
株: A59 / 遺伝子: 1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6V0, ubiquitinyl hydrolase 1, SARS coronavirus main proteinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D C(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D (H)CCH-COSY
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11122D 1H-13C HSQC aliphatic
11222D 1H-13C HSQC aromatic
11313D HNHA
1141IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 5 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 5 mM TCEP, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
50 mMpotassium phosphate-11
100 mMpotassium chloride-21
5 mMTCEP-31
50 mMpotassium phosphate-42
100 mMpotassium chloride-52
5 mMTCEP-62
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: DGSA-distance geometry simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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