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万見
- PDB-2m02: 3D structure of cap-gly domain of mammalian dynactin determined b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m02
タイトル3D structure of cap-gly domain of mammalian dynactin determined by magic angle spinning NMR spectroscopy
要素Dynactin subunit 1
キーワードMOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / COPI-mediated anterograde transport / cell cortex region ...COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / COPI-mediated anterograde transport / cell cortex region / centriolar subdistal appendage / positive regulation of neuromuscular junction development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / centriole-centriole cohesion / microtubule anchoring at centrosome / ventral spinal cord development / MHC class II antigen presentation / melanosome transport / retromer complex / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end / positive regulation of microtubule nucleation / positive regulation of intracellular protein transport / non-motile cilium assembly / retrograde transport, endosome to Golgi / cytoplasmic dynein complex / microtubule associated complex / motor behavior / nuclear migration / neuromuscular process / neuromuscular junction development / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / neuron projection maintenance / centriole / tubulin binding / regulation of mitotic spindle organization / kinetochore / spindle / neuron cellular homeostasis / spindle pole / nuclear envelope / cell cortex / microtubule binding / molecular adaptor activity / microtubule / neuron projection / ciliary basal body / axon / cell division / neuronal cell body / centrosome / protein kinase binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynein associated protein / Dynein associated protein / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / SH3 type barrels. ...Dynein associated protein / Dynein associated protein / CAP Gly-rich-like domain / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynactin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法個体NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Yan, S. / Hou, G. / Schwieters, C.D. / Ahmed, S. / Williams, J.C. / Polenova, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Three-Dimensional Structure of CAP-Gly Domain of Mammalian Dynactin Determined by Magic Angle Spinning NMR Spectroscopy: Conformational Plasticity and Interactions with End-Binding Protein EB1.
著者: Yan, S. / Hou, G. / Schwieters, C.D. / Ahmed, S. / Williams, J.C. / Polenova, T.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Solid-state and solution NMR studies of the CAP-Gly domain of mammalian dynactin and its interaction with microtubules.
著者: Sun, S. / Siglin, A. / Williams, J.C. / Polenova, T.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32013年11月13日Group: Database references
改定 1.42014年6月25日Group: Structure summary
改定 1.52021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_nmr_spectrometer.type
改定 1.62023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynactin subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5261
ポリマ－9,5261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Dynactin subunit 1 / 150 kDa dynein-associated polypeptide / DAP-150 / DP-150 / p150-glued


分子量: 9525.583 Da / 分子数: 1 / 断片: CAP-Gly domain of P150Glued subunit of dynactin / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dctn1 / プラスミド: pET28b-His6-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28023

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
211DARR
121NCA
131NCO
141NCACB
151NCACX
161CTUC-COCA
171CTUC-CACB
181CTUC-NCOCA
191NCOCX
1101DARR
2112RDSD
3123RDSD
4134NCACX
4144NCOCX
4154DARR
4164CANCX

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
14.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CAP-Gly, 100% H2O100% H2O
24.2 mM [2-13C]-glycerol; U-100% 15N CAP-Gly, 100% H2O100% H2O
34.2 mM [1,3-13C]-glycerol; U-100% 15N CAP-Gly, 100% H2O100% H2O
44.2 mM [U-13C; U-15N] CAP-Gly, 100% H2O100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4.2 mMCAP-Gly[U-100% 13C; U-100% 15N]1
4.2 mMCAP-Gly[2-13C]-glycerol; U-100% 15N2
4.2 mMCAP-Gly[1,3-13C]-glycerol; U-100% 15N3
4.2 mMCAP-Gly[U-13C; U-15N]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1306ambient 256.3 K
2306ambient 271 K
3306ambient 271 K
4306ambient 276 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InfinityPlusVarianInfinityPlus6001
Varian INOVAVarianINOVA9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
Roland_NMR_Toolkit(RNMRTK)-Hoch, Stern, Li, Mobli, Maciejewski, Gryk解析
X-PLOR NIH2.29Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TALOS+3.70F1Cornilescu, Delaglio and Baxtorsion angle prediction
X-PLOR NIH2.29Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
ソフトェア番号: 6
NMR constraintsProtein phi angle constraints total count: 69 / Protein psi angle constraints total count: 69
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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