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- PDB-2lzz: Solution structure of a mutant of the triheme cytochrome PpcA fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lzz
タイトルSolution structure of a mutant of the triheme cytochrome PpcA from Geobacter sulfurreducens sheds light on the role of the conserved aromatic residue F15
要素Cytochrome c, 3 heme-binding sites
キーワードELECTRON TRANSPORT / Geobacter / Triheme cytochrome / Site-directed mutagenesis
機能・相同性Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / :
機能・相同性情報
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dantas, J.M. / Morgado, L. / Turner, D.L. / Salgueiro, C.A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Solution structure of a mutant of the triheme cytochrome PpcA from Geobacter sulfurreducens sheds light on the role of the conserved aromatic residue F15.
著者: Dantas, J.M. / Morgado, L. / Pokkuluri, P.R. / Turner, D.L. / Salgueiro, C.A.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c, 3 heme-binding sites
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5644
ポリマ－7,7141
非ポリマー1,8493
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c, 3 heme-binding sites


分子量: 7714.133 Da / 分子数: 1 / 変異: F15L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: DL-1 / KN400 / 遺伝子: GSU0612, KN400_0591, ppcA / プラスミド: pCK32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7AFU0
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H COSY
1412D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM F15L polypeptide, 3 mM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE, 45 mM sodium phosphate, 0.04 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.4 mM [U-100% 15N] F15L polypeptide, 3 mM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE, 45 mM sodium phosphate, 0.04 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMF15L polypeptide-11
3 mMPROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE-21
45 mMsodium phosphate-31
0.04 %sodium azide-41
0.4 mMF15L polypeptide-5[U-100% 15N]2
3 mMPROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE-62
45 mMsodium phosphate-72
0.04 %sodium azide-82
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11007.1ambient 298 K
2457.1ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
PARADYANATurner, D. L. Brennan, L. Chamberlin, S. G. Louro, R. O. Xavier, A. V.chemical shift calculation
PARADYANATurner, D. L. Brennan, L. Chamberlin, S. G. Louro, R. O. Xavier, A. V.精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichsuperimposition
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisual inspection
CINGNabuurs, Spronk, Krieger, Maassen, Vriend and Vuister構造検証
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1822 / NOE intraresidue total count: 704 / NOE long range total count: 453 / NOE medium range total count: 300 / NOE sequential total count: 365
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.27 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.26 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 1.14 Å / Distance rms dev error: 0.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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