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万見
- PDB-2lzl: FGFR3tm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lzl
タイトルFGFR3tm
要素Fibroblast growth factor receptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane domain / fibroblast growth factor receptor / dimerization / tyrosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / endochondral bone growth / chondrocyte proliferation / FGFR3b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 ...t(4;14) translocations of FGFR3 / negative regulation of developmental growth / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Signaling by FGFR3 fusions in cancer / bone maturation / endochondral bone growth / chondrocyte proliferation / FGFR3b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / positive regulation of phospholipase activity / endochondral ossification / bone morphogenesis / PI-3K cascade:FGFR3 / fibroblast growth factor binding / bone mineralization / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / transport vesicle / skeletal system development / Negative regulation of FGFR3 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / MAPK cascade / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1740 / : / Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1740 / : / Fibroblast growth factor receptor 3 transmembrane domain / Fibroblast growth factor receptor family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Helix non-globular / Special / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Lesovoy, D.M. / Bocharov, E.V. / Goncharuk, S.A. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of FGFR3 Transmembrane Domain Dimer: Implications for Signaling and Human Pathologies.
著者: Bocharov, E.V. / Lesovoy, D.M. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Hristova, K. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2012年10月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 3
B: Fibroblast growth factor receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2092
ポリマ－9,2092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 250target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fibroblast growth factor receptor 3 / FGFR-3


分子量: 4604.325 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 357-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR3, JTK4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P22607, receptor protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: dimer of transmembrane domain of human fibroblast growth factor receptor 3
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N TROSY
1312D 1H-13C constant time HSQC aliphatic
1412D 1H-13C constant time HSQC aromatic
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1813D HNHA
1913D HNHB
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
114115N,13C-F1-filtered/F3-edited-NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.75 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FGFR3tm, 0.75 mM FGFR3tm, 88 mM [U-99% 2H] DPC, 10 mM [U-99% 2H] SDS, 0.3 mM sodium azide, 6 mM TCEP, 5 mM citric acid, 15 mM Na2HPO4, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMFGFR3tm-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.75 mMFGFR3tm-21
88 mMDPC-3[U-99% 2H]1
10 mMSDS-4[U-99% 2H]1
0.3 mMsodium azide-51
6 mMTCEP-61
5 mMcitric acid-71
15 mMNa2HPO4-81
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CARA1.8.4Rochus Kellerchemical shift assignment
MathematicaWolfram Researchデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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