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- PDB-2lzf: Structure of the biofilm matrix promoter AbbA from B. subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lzf
タイトルStructure of the biofilm matrix promoter AbbA from B. subtilis
要素Uncharacterized protein ykzF
キーワードPROTEIN BINDING / Biofilm / DNA-mimic / AbrB
機能・相同性Helix Hairpins - #3030 / Antirepressor AbbA / Antirepressor AbbA / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein YkzF
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Bobay, B.G. / Tucker, A.T. / Losick, R. / Cavanagh, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A DNA Mimic: The Structure and Mechanism of Action for the Anti-Repressor Protein AbbA.
著者: Tucker, A.T. / Bobay, B.G. / Banse, A.V. / Olson, A.L. / Soderblom, E.J. / Moseley, M.A. / Thompson, R.J. / Varney, K.M. / Losick, R. / Cavanagh, J.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32014年4月23日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein ykzF
B: Uncharacterized protein ykzF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9782
ポリマ－15,9782
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein ykzF


分子量: 7989.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU14120, ykzF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31697

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D HN(CO)CA
11013D H(CCO)NH
11123D (H)CCH-TOCSY
11213D HNHA
11313D 1H-15N TOCSY
11413D HN(CA)CO
11513D 1H-15N NOESY
11623D 1H-13C NOESY
11723D 13C-12C isotope filtered NOESY
11812D 1H-15N HSQC RDC
11912D 1H-15N HSQC RDC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A COMBINATION OF NOE, DIHEDRAL, HYDROGEN BOND AND RESIDUAL DIPOLAR COUPLING DATA.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1 mM DTT, 20 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1 mM DTT, 20 mM TRIS, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-1.01
1 mMDTT-21
20 mMTRIS-31
200 mMsodium chloride-41
1 mMEDTA-51
0.02 %sodium azide-61
mMentity-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-1.02
1 mMDTT-82
20 mMTRIS-92
200 mMsodium chloride-102
1 mMEDTA-112
0.02 %sodium azide-122
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeVersion 7.5 Rev 2012.204.11.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawVersion 7.5 Rev 2012.204.11.07Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView8aJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView8aJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView8aJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber11Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 99 INITIAL STRUCTURES WERE CALCULATED WITH CYANA USING NOE, DIHEDRAL, HYDROGEN BOND, AND RDC RESTRAINTS, 99 LOWEST-ENERGY STRUCTURES FROM CYANA WERE REFINED IN AMBER 11 USING THE GB SOLVENT ...詳細: 99 INITIAL STRUCTURES WERE CALCULATED WITH CYANA USING NOE, DIHEDRAL, HYDROGEN BOND, AND RDC RESTRAINTS, 99 LOWEST-ENERGY STRUCTURES FROM CYANA WERE REFINED IN AMBER 11 USING THE GB SOLVENT MODEL, 20 LOWEST-ENERGY STRUCTURES WERE DEPOSITED.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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