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- PDB-2lz5: Solution structure of a Novel Alpha-Conotoxin TxIB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lz5
タイトルSolution structure of a Novel Alpha-Conotoxin TxIB
要素Conotoxin_TxIB
キーワードTOXIN (毒素) / ALPHA-CONOTOXIN / ALPHA-HELIX (Αヘリックス) / DISULFIDE BONDS (ジスルフィド) / AMIDATED C-TERMINUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin TxIB
類似検索 - 構成要素
生物種Conus textile (タガヤサンミナシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Luo, S. / Zhangsun, D. / Wu, Y. / Zhu, X. / Hu, Y. / McIntyre, M. / Christensen, S. / Akcan, M. / Craik, D. / McIntosh, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of a novel alpha-conotoxin from conus textile that selectively targets alpha6/alpha3beta2beta3 nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Luo, S. / Zhangsun, D. / Wu, Y. / Zhu, X. / Hu, Y. / McIntyre, M. / Christensen, S. / Akcan, M. / Craik, D.J. / McIntosh, J.M.
履歴
登録2012年9月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conotoxin_TxIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7461
ポリマ－1,7461
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Conotoxin_TxIB


分子量: 1746.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus textile (タガヤサンミナシ) / 参照: UniProt: K4RNX9*PLUS
配列の詳細THE TXIB SEQUENCE (152 BP) HAS BEEN SUBMITTED TO THE EMBL NUCLEOTIDE DATABASE AND WAS ACCEPTED WITH ...THE TXIB SEQUENCE (152 BP) HAS BEEN SUBMITTED TO THE EMBL NUCLEOTIDE DATABASE AND WAS ACCEPTED WITH ACCESSION NUMBER HE995411.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 3 mg/mL Conotoxin, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 3 mg/mL / 構成要素: Conotoxin-1
試料状態pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 280 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MolProbityRichardsonstructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein phi angle constraints total count: 7
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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