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- PDB-2lyc: Structure of C-terminal domain of Ska1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lyc
タイトルStructure of C-terminal domain of Ska1
要素Spindle and kinetochore-associated protein 1 homolog
キーワードPROTEIN BINDING / Ska1 / kinetochore / microtubule / Ska1-MTBD
機能・相同性
機能・相同性情報


kinetochore => GO:0000776 / outer kinetochore / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / chromosome segregation / spindle microtubule / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ska1 microtubule binding domain-like / Spindle and kinetochore-associated protein 1 / SKA1 microtubule binding domain / Spindle and kinetochore-associated protein 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle and kinetochore-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boeszoermenyi, A. / Schmidt, J.C. / Markus, M. / Oberer, M. / Cheeseman, I.M. / Wagner, G. / Arthanari, H.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2012
タイトル: The kinetochore-bound ska1 complex tracks depolymerizing microtubules and binds to curved protofilaments.
著者: Schmidt, J.C. / Arthanari, H. / Boeszoermenyi, A. / Dashkevich, N.M. / Wilson-Kubalek, E.M. / Monnier, N. / Markus, M. / Oberer, M. / Milligan, R.A. / Bathe, M. / Wagner, G. / Grishchuk, E.L. / Cheeseman, I.M.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle and kinetochore-associated protein 1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5761
ポリマ－15,5761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Spindle and kinetochore-associated protein 1 homolog


分子量: 15576.342 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Y106G6H.15 / プラスミド: pET3aTr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XWS0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D HN(CO)CA
1723D HCACO
1823D 1H-15N NOESY
1933D time shared 13C-15N NOESY
11014D HMQC-NOESY-HMQC
11122D-(HB)CB(CGCD)HD
11222D-(HB)CB(CGCDCE)HE
11323D C(CO)NH
11423D H(CCO)NH
11523D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.800 mM [U-100% 15N ILV-Methyl 13C] Ska1-MTBD, 20 mM potassium phosphate, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT, 55 mM H2O, 0.0001 mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
20.800 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ska1-MTBD, 20 mM potassium phosphate, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT, 55 mM H2O, 0.00001 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.800 mM [U-100% 15N ILV-Methyl 13C] Ska1-MTBD, 20 mM potassium phosphate, 150 mM NaCl, 1.5 mM DTT, 55 mM H2O, 0.00001 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.800 mMSka1-MTBD-1[U-100% 15N ILV-Methyl 13C]1
20 mMpotassium phosphate-21
150 mMNaCl-31
1.5 mMDTT-41
55 mMH2O-51
0.0001 mMsodium azide-61
0.800 mMSka1-MTBD-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMpotassium phosphate-82
150 mMNaCl-92
1.5 mMDTT-102
55 mMH2O-112
0.00001 mMsodium azide-122
0.800 mMSka1-MTBD-13[U-100% 15N ILV-Methyl 13C]3
20 mMpotassium phosphate-143
150 mMNaCl-153
1.5 mMDTT-163
55 mMH2O-173
0.00001 mMsodium azide-183
試料状態イオン強度: 0.150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7503
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CCPNMRCCPNchemical shift assignment
ProcheckNMRLaskowski and MacArthur構造検証
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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