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万見
- PDB-2ly8: The budding yeast chaperone Scm3 recognizes the partially unfolde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ly8
タイトルThe budding yeast chaperone Scm3 recognizes the partially unfolded dimer of the centromere-specific Cse4/H4 histone variant
要素Budding yeast chaperone Scm3
キーワードCHAPERONE / centromere protein / CenH3 variants / Partially unfolded
機能・相同性
機能・相同性情報


2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / centromeric DNA binding / HDACs deacetylate histones ...2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / centromeric DNA binding / HDACs deacetylate histones / kinetochore assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / condensed chromosome, centromeric region / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid segregation / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin / peroxisome / mitotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3-like centromeric protein CSE4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Hong, J. / Feng, H. / Zhou, Z. / Ghirlando, R. / Bai, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Identification of Functionally Conserved Regions in the Structure of the Chaperone/CenH3/H4 Complex.
著者: Hong, J. / Feng, H. / Zhou, Z. / Ghirlando, R. / Bai, Y.
履歴
登録2012年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Budding yeast chaperone Scm3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7181
ポリマ－13,7181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Budding yeast chaperone Scm3


分子量: 13717.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: Cse4p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIPL / 参照: UniProt: P36012*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This is a structure of re-engineering single chain of Cse4-LVPRGS-H4
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-1H NOESY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CO)CA
1823D HBHA(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11123D 1H-13C NOESY
11232D 1H-1H NOESY
11323D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 15N] sC4, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sC4, 0.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] sC4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sC4, 100% D2O100% D2O
30.8 mM sC4, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMsC4-1[U-100% 15N]1
0.8 mMsC4-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.8 mMsC4-3[U-13C; U-15N; U-2H]1
0.8 mMsC4-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.8 mMsC4-53
試料状態pH: 5.4 / 圧: ambient / 温度: 308.1 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeupdatedDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewupdatedJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHupdatedSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRDrawCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ProcheckNMRupdatedLaskowski and MacArthur構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3382 / NOE intraresidue total count: 912 / NOE long range total count: 466 / NOE medium range total count: 1151 / NOE sequential total count: 853 / Protein phi angle constraints total count: 85 / Protein psi angle constraints total count: 85
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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