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- PDB-2lpb: Structure of the complex of the central activation domain of Gcn4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lpb
タイトルStructure of the complex of the central activation domain of Gcn4 bound to the mediator co-activator domain 1 of Gal11/med15
要素
  • General control protein GCN4
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator / Activator / Co-Activator / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / amino acid biosynthesis / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / FCERI mediated MAPK activation / core mediator complex / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II ...TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / FCERI mediated MAPK activation / core mediator complex / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / mediator complex / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to heat / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2920 / Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 / KIX domain / Gal11 activator-binding domain (ABD1) / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. ...Helix Hairpins - #2920 / Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 / KIX domain / Gal11 activator-binding domain (ABD1) / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
General control transcription factor GCN4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brzovic, P.S. / Heikaus, C.C. / Kisselev, L. / Vernon, R. / Herbig, E. / Pacheco, D. / Warfield, L. / Littlefield, P. / Baker, D. / Klevit, R.E. / Hahn, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: The acidic transcription activator Gcn4 binds the mediator subunit Gal11/Med15 using a simple protein interface forming a fuzzy complex.
著者: Brzovic, P.S. / Heikaus, C.C. / Kisselev, L. / Vernon, R. / Herbig, E. / Pacheco, D. / Warfield, L. / Littlefield, P. / Baker, D. / Klevit, R.E. / Hahn, S.
履歴
登録2012年2月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年2月22日ID: 2KO4
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
B: General control protein GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4732
ポリマ－13,4732
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 13structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Autonomous replication regulatory protein 3 / Basal expression activator protein 1 / Defective ...Autonomous replication regulatory protein 3 / Basal expression activator protein 1 / Defective silencing suppressor protein 4 / Mediator complex subunit 15 / Transcription regulatory protein GAL11 / Ty insertion suppressor protein 13


分子量: 9515.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 158-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ABE1, GAL11, MED15, RAR3, SDS4, SPT13, YOL051W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19659
#2: タンパク質・ペプチド General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein


分子量: 3958.076 Da / 分子数: 1 / 断片: Transcriptional activation region, residues 101-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: AAS3, ARG9, GCN4, YEL009C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1333D CBCA(CO)NH
1453D CBCA(CO)NH
1533D HNCA
1653D HNCA
1733D HNCO
1853D HNCO
1933D HN(CA)CB
11053D HN(CA)CB
11133D 1H-15N NOESY
11253D 1H-15N NOESY
11343D 1H-13C NOESY aliphatic
11453D 1H-13C NOESY aliphatic
11543D 1H-13C NOESY aromatic
11653D 1H-13C NOESY aromatic
11733D C(CO)NH
11853D C(CO)NH
11933D H(CCO)NH
12053D H(CCO)NH
12132D 1H-13C HSQC aliphatic
12252D 1H-13C HSQC aliphatic
12332D 1H-13C HSQC aromatic
12452D 1H-13C HSQC aromatic
NMR実験の詳細Text: The authors state that the structures are arranged by energy, preceeding from lowest to highest, but there is no single representative structure. Binding of Gcn4 residues 101-134 to Gal11 ...Text: The authors state that the structures are arranged by energy, preceeding from lowest to highest, but there is no single representative structure. Binding of Gcn4 residues 101-134 to Gal11 residues 158-238 is best represented by the entire ensemble as Gcn4 binds in multiple orientations.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.2 mM [U-15N] Gal11, 2-2.4 mM Gcn4, 20 mM Sodium phosphate, 150 mM Sodium chloride, 1 mM PMSF, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22-2.4 mM Gal11, 1-1.2 mM [U-15N] Gcn4, 20 mM Sodium phosphate, 150 mM Sodium chloride, 1 mM PMSF, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31-1.2 mM [U-13C; U-15N] Gal11, 2-2.4 mM Gcn4, 20 mM Sodium phosphate, 150 mM Sodium chloride, 1 mM PMSF, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41-1.2 mM [U-13C; U-15N] Gal11, 2-2.4 mM Gcn4, 20 mM Sodium phosphate, 150 mM Sodium chloride, 1 mM PMSF, 5 mM DTT, 100% D2O100% D2O
52-2.4 mM Gal11, 1-1.2 mM [U-13C; U-15N] Gcn4, 20 mM Sodium phosphate, 150 mM Sodium chloride, 1 mM PMSF, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMGal11-1[U-15N]1-1.21
mMGcn4-22-2.41
20 mMSodum phosphate-31
150 mMSodum chloride-41
1 mMPMSF-51
5 mMDTT-61
mMGal11-72-2.42
mMGcn4-8[U-15N]1-1.22
20 mMSodum phosphate-92
150 mMSodum chloride-102
1 mMPMSF-112
5 mMDTT-122
mMGal11-13[U-13C; U-15N]1-1.23
mMGcn4-142-2.43
20 mMSodum phosphate-153
150 mMSodum chloride-163
1 mMPMSF-173
5 mMDTT-183
mMGal11-19[U-13C; U-15N]1-1.24
mMGcn4-202-2.44
20 mMSodum phosphate-214
150 mMSodum chloride-224
1 mMPMSF-234
5 mMDTT-244
mMGal11-252-2.45
mMGcn4-26[U-13C; U-15N]1-1.25
20 mMSodum phosphate-275
150 mMSodum chloride-285
1 mMPMSF-295
5 mMDTT-305
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Bruker DMXBrukerDMX5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin構造決定
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 13 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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