PDB-2lx9: Solution Structure of Escherichia coli Ferrous Iron transport pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lx9

タイトル

Solution Structure of Escherichia coli Ferrous Iron transport protein A (FeoA)

要素

Ferrous iron transport protein A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / FeoA

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / iron ion transport / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Lau, C.K.Y. / Ishida, H. / Liu, Z. / Vogel, H.J.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of Escherichia coli FeoA and Its Potential Role in Bacterial Ferrous Iron Transport.
著者: Lau, C.K. / Ishida, H. / Liu, Z. / Vogel, H.J.

履歴

登録	2012年8月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lx9.cif.gz	774.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lx9.ent.gz	649.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lx9_validation.pdf.gz	541.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lx9_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2lx9_validation.xml.gz	84 KB	表示
CIF形式データ	2lx9_validation.cif.gz	107.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cr8-2 7c3y-d 5cr8-1 2i9a-3 5prx-1 2mbf-d 5pv4-1 5pw0-1 5pwb-1 5prl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18668

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferrous iron transport protein A

9.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Ferrous iron transport protein A 分子量: 9436.902 Da / 分子数: 1 / 変異: C75S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3408, feoA, JW3371 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEL3

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 20 mM HEPES, 1 mM DSS, 100 mM sodium chloride, 0.8 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
20 mM	HEPES-1		1
1 mM	DSS-2		1
100 mM	sodium chloride-3		1
0.8 mM	entity-4	[U-95% 13C; U-95% 15N]	1

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.26	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
NMRDraw		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1197 / NOE intraresidue total count: 297 / NOE long range total count: 357 / NOE medium range total count: 192 / NOE sequential total count: 351 / Hydrogen bond constraints total count: 40

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.039 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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