PDB-2lx0: Arced helix (ArcH) NMR structure of the reovirus p14 fusion-assoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lx0

タイトル

Arced helix (ArcH) NMR structure of the reovirus p14 fusion-associated small transmembrane (FAST) protein transmembrane domain (TMD) in dodecyl phosphocholine (DPC) micelles

要素

Membrane fusion protein p14

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Membrane fusion protein transmembrane domain / p14 FAST protein TMD / ArcH / micelle-peptide complex

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Sarker, M. / Key, T. / Duncan, R. / Rainey, J.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Cell-Cell Membrane Fusion Module Comprising a Transmembrane Arced Helix (ArcH)
著者: Sarker, M. / Key, T. / Rainey, J.K. / Duncan, R.

履歴

登録	2012年8月10日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lx0.cif.gz	545.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lx0.ent.gz	463.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lx0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2me2-d 1dsj-d 1r7d-d 1og7-d 5xo5-d 6phi-d 5nz9-d 2m8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 18655

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane fusion protein p14

3.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	50 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Membrane fusion protein p14 分子量: 3816.661 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane domain / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	3D 1H-15N TOCSY
1	5	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 0.75 mM Partial 15N (8 of 32 amino acids) p14 TMD peptide, 150 mM [U-2H] DPC, 0.5 mM DSS, 0.2 mM sodium azide, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.75 mM	p14 TMD peptide-1	Partial 15N (8 of 32 amino acids)	1
150 mM	DPC-2	[U-2H]	1
0.5 mM	DSS-3		1
0.2 mM	sodium azide-4		1
20 mM	sodium acetate-5	[U-2H]	1

試料状態

pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.18	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	2.18	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
Sparky	3.11	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	3.11	Goddard	peak picking
MOLMOL	2k.2	Koradi, Billeter and Wuthrich	visualization
MOLMOL	2k.2	Koradi, Billeter and Wuthrich	ensemble superposition
MOLMOL	2k.2	Koradi, Billeter and Wuthrich	rmsd calculation
UCSF Chimera	1.6.2	Pettersen, Goddard, Huang, Couch, Greenblatt, Meng, Ferrin	visualization
UCSF Chimera	1.6.2	Pettersen, Goddard, Huang, Couch, Greenblatt, Meng, Ferrin	distance measurement
ProcheckNMR	3.5.4	Laskowski and MacArthur	structure validation
ProcheckNMR	3.5.4	Laskowski and MacArthur	ramachandran plot statistics
DSSP		Kabsch, Sander; Joosten, Te Beek, Krieger, Hekkelman, Hooft, Schneider, Sander, Vriend	secondary structure analysis

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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