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- PDB-2lww: NMR structure of RelA-TAD/CBP-TAZ1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lww
タイトルNMR structure of RelA-TAD/CBP-TAZ1 complex
要素
  • CREB-binding protein
  • Nuclear transcription factor RelA
キーワードTRANSCRIPTION / NF-kappaB / p65
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of immune response proteins / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Regulated proteolysis of p75NTR / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...SUMOylation of immune response proteins / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Regulated proteolysis of p75NTR / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Notch-HLH transcription pathway / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of cell adhesion molecule production / germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of chondrocyte differentiation / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / Downstream TCR signaling / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / NF-kappaB p50/p65 complex / Cytoprotection by HMOX1 / positive regulation of Schwann cell differentiation / CD209 (DC-SIGN) signaling / Estrogen-dependent gene expression / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / cellular response to peptidoglycan / negative regulation of interferon-beta production / ankyrin repeat binding / negative regulation of protein sumoylation / postsynapse to nucleus signaling pathway / defense response to tumor cell / histone H3K18 acetyltransferase activity / cellular response to interleukin-6 / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / actinin binding / MRF binding / cellular response to angiotensin / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to UV-B / NF-kappaB complex / face morphogenesis / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / non-canonical NF-kappaB signal transduction / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / positive regulation of amyloid-beta formation / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / response to cobalamin / phosphate ion binding / acetyltransferase activity / SMAD binding / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / behavioral response to cocaine / TFIIB-class transcription factor binding / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / hair follicle development / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / long-term memory / response to mechanical stimulus / canonical NF-kappaB signal transduction / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to cAMP / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to muscle stretch
類似検索 - 分子機能
CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain ...CREB-binding Protein; Chain A / TAZ domain / Transcription factor RelA (p65) / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / ig-like, plexins, transcription factors / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Transcription factor p65 / Nuclear transcription factor RelA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mukherjee, S.P. / Ghosh, G. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Analysis of the RelA:CBP/p300 Interaction Reveals Its Involvement in NF-kappa B-Driven Transcription.
著者: Mukherjee, S.P. / Behar, M. / Birnbaum, H.A. / Hoffmann, A. / Wright, P.E. / Ghosh, G.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Nuclear transcription factor RelA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8005
ポリマ－18,6042
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 11281.177 Da / 分子数: 1 / 断片: TAZ-type 1 zinc finger residues 340-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp, Cbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 Nuclear transcription factor RelA / V-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (Avian)


分子量: 7322.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 425-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rela, mCG_11759 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q548Y4, UniProt: Q04207*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1423D (H)CCH-COSY
1523D 1H-13C NOESY
1622D 1H-13C HSQC
1752D 1H-15N HSQC
1853D 1H-15N TOCSY
1953D 1H-15N NOESY
110212C-filtered-13C-edited NOESY-HSQC
11122D 1H-13C HSQC aromatic
11243D HNCO
11343D HNCA
11443D HN(CA)CB
11543D CBCA(CO)NH
11613D CBCA(CO)NH
11733D 1H-13C NOESY
11833D (H)CCH-COSY
11963D 1H-15N NOESY
12063D 1H-15N TOCSY
121312C-filtered-13C-edited NOESY-HSQC
12252D 1H-15N HSQC
12362D 1H-15N HSQC
12432D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.1 mM [U-13C; U-15N] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8-1.1 mM [U-13C] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM [U-2H] DTT, 20 mM [U-2H] TRIS, 40 mM sodium chloride, 99.8 % [U-2H] D2O, 100% D2O100% D2O
30.7-0.9 mM [U-13C] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM [U-2H] DTT, 20 mM [U-2H] TRIS, 40 mM sodium chloride, 99.8 % [U-2H] D2O, 100% D2O100% D2O
40.7-0.9 mM [U-13C; U-15N] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.8-1.1 mM [U-15N] TAZ1, 1.2-1.5 mM RelA-TA2, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.7-0.9 mM [U-15N] RelA-TA2, 1.5-1.8 mM TAZ1, 2 mM DTT, 20 mM TRIS, 40 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMTAZ1-1[U-13C; U-15N]0.8-1.11
mMRelA-TA2-21.2-1.51
2 mMDTT-31
20 mMTRIS-41
40 mMsodium chloride-51
5 %D2O-6[U-2H]1
mMTAZ1-7[U-13C]0.8-1.12
mMRelA-TA2-81.2-1.52
2 mMDTT-9[U-2H]2
20 mMTRIS-10[U-2H]2
40 mMsodium chloride-112
99.8 %D2O-12[U-2H]2
mMRelA-TA2-13[U-13C]0.7-0.93
mMTAZ1-141.5-1.83
2 mMDTT-15[U-2H]3
20 mMTRIS-16[U-2H]3
40 mMsodium chloride-173
99.8 %D2O-18[U-2H]3
mMRelA-TA2-19[U-13C; U-15N]0.7-0.94
mMTAZ1-201.5-1.84
2 mMDTT-214
20 mMTRIS-224
40 mMsodium chloride-234
5 %D2O-24[U-2H]4
mMTAZ1-25[U-15N]0.8-1.15
mMRelA-TA2-261.2-1.55
2 mMDTT-275
20 mMTRIS-285
40 mMsodium chloride-295
5 %D2O-30[U-2H]5
mMRelA-TA2-31[U-15N]0.7-0.96
mMTAZ1-321.5-1.86
2 mMDTT-336
20 mMTRIS-346
40 mMsodium chloride-356
5 %D2O-36[U-2H]6
試料状態イオン強度: 40 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2012 / NOE intraresidue total count: 684 / NOE long range total count: 186 / NOE medium range total count: 441 / NOE sequential total count: 448
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.21 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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