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- PDB-2lwj: NMR solution structure Myxoccoccus xanthus CdnL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lwj
タイトルNMR solution structure Myxoccoccus xanthus CdnL
要素Transcriptional regulator, CarD family
キーワードTRANSCRIPTION / CdnL / CarD / TRCF-RID / PF02559 / RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transcription
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 ...CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Thrombin, subunit H / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, CarD family
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Jimenez, M. / Padmanabhan, S. / Mirassou, Y.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into RNA Polymerase Recognition and Essential Function of Myxococcus xanthus CdnL.
著者: Gallego-Garcia, A. / Mirassou, Y. / Garcia-Moreno, D. / Elias-Arnanz, M. / Jimenez, M.A. / Padmanabhan, S.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2012
タイトル: (1)H, (13)C and (15)N assignments of CdnL, an essential protein in Myxococcus xanthus.
著者: Mirassou, Y. / Elias-Arnanz, M. / Padmanabhan, S. / Jimenez, M.A.
履歴
登録2012年8月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, CarD family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0271
ポリマ－19,0271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, CarD family


分子量: 19026.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK 1622 / 遺伝子: cdnL, MXAN_2627 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D927

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H COSY
1522D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H NOESY
1732D 1H-15N HSQC
1833D HNCO
1933D HNCA
11033D CBCA(CO)NH
11142D 1H-13C HSQC aliphatic
11243D (H)CCH-TOCSY
11343D 1H-13C NOESY aliphatic
11452D 1H-1H COSY
11552D 1H-1H TOCSY
11652D 1H-1H NOESY
11762D 1H-1H COSY
11862D 1H-1H TOCSY
11962D 1H-1H NOESY
12072D 1H-15N HSQC
12172D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.5 mM DSS, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.5 mM DSS, 100% D2O100% D2O
50.25 mM CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.25 mM CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM DSS, 100% D2O100% D2O
70.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CdnL, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCdnL-11
50 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
0.05 %sodium azide-41
2 mMbeta-mercaptoethanol-51
0.5 mMDSS-61
1 mMCdnL-72
50 mMsodium phosphate-82
100 mMsodium chloride-92
0.05 %sodium azide-102
2 mMbeta-mercaptoethanol-112
0.5 mMDSS-122
1 mMCdnL-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 mMsodium phosphate-143
100 mMsodium chloride-153
0.05 %sodium azide-163
2 mMbeta-mercaptoethanol-173
0.5 mMDSS-183
1 mMCdnL-19[U-100% 13C; U-100% 15N]4
50 mMsodium phosphate-204
100 mMsodium chloride-214
0.05 %sodium azide-224
2 mMbeta-mercaptoethanol-234
0.5 mMDSS-244
0.25 mMCdnL-255
50 mMsodium phosphate-265
100 mMsodium chloride-275
0.05 %sodium azide-285
2 mMbeta-mercaptoethanol-295
0.1 mMDSS-305
0.25 mMCdnL-316
50 mMsodium phosphate-326
100 mMsodium chloride-336
0.05 %sodium azide-346
2 mMbeta-mercaptoethanol-356
0.1 mMDSS-366
0.25 mMCdnL-37[U-100% 13C; U-100% 15N]7
50 mMsodium phosphate-387
100 mMsodium chloride-397
0.05 %sodium azide-407
2 mMbeta-mercaptoethanol-417
0.5 mMDSS-427
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3064 / NOE intraresidue total count: 839 / NOE long range total count: 1026 / NOE medium range total count: 696 / NOE sequential total count: 503 / Protein phi angle constraints total count: 155 / Protein psi angle constraints total count: 135
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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