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万見
- PDB-2lw9: NMR solution structure of Myo10 anti-CC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lw9
タイトルNMR solution structure of Myo10 anti-CC
要素Unconventionnal myosin-X
キーワードMOTOR PROTEIN / Myo10 anti-CC
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end directed microfilament motor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of cell-cell adhesion / filopodium tip / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of filopodium assembly / filopodium membrane / myosin complex / microfilament motor activity / spectrin binding ...plus-end directed microfilament motor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of cell-cell adhesion / filopodium tip / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of filopodium assembly / filopodium membrane / myosin complex / microfilament motor activity / spectrin binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / ruffle / filopodium / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / actin filament binding / lamellipodium / regulation of cell shape / cell cortex / calmodulin binding / neuron projection / neuronal cell body / nucleolus / signal transduction / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unconventional myosin-X, coiled coil domain / Class X myosin, motor domain / Myosin X, N-terminal SH3 domain / Myosin X, FERM domain C-lobe / Unconventional myosin-X coiled coil domain / Myosin X N-terminal SH3 domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain ...Unconventional myosin-X, coiled coil domain / Class X myosin, motor domain / Myosin X, N-terminal SH3 domain / Myosin X, FERM domain C-lobe / Unconventional myosin-X coiled coil domain / Myosin X N-terminal SH3 domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / Ras-associating (RA) domain / IQ calmodulin-binding motif / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / FERM central domain / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ye, F. / Lu, Q. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Antiparallel coiled-coil-mediated dimerization of myosin X
著者: Lu, Q. / Ye, F. / Wei, Z. / Wen, Z. / Zhang, M.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventionnal myosin-X
B: Unconventionnal myosin-X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6962
ポリマ－12,6962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 61structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Unconventionnal myosin-X / Unconventional myosin-10


分子量: 6348.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO10, KIAA0799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HD67

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity-1, 100% D2O / 溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: entity-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
PIPPGarrettchemical shift assignment
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
CNS精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 61 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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