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万見
- PDB-2lw3: Solution structure of the soluble domain of MmpS4 from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lw3
タイトルSolution structure of the soluble domain of MmpS4 from Mycobacterium tuberculosis
要素Putative membrane protein mmpS4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MmpS4 / soluble domain / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MmpS1-5, C-terminal soluble domain / Transport accessory protein MmpS / Transport accessory protein MmpS, C-terminal / Mycobacterium membrane protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Siderophore export accessory protein MmpS4 / Siderophore export accessory protein MmpS4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model16
データ登録者Xi, Z. / Sun, P. / Wang, W. / Lai, C. / Wu, F. / Tian, C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Discovery of a Siderophore Export System Essential for Virulence of Mycobacterium tuberculosis
著者: Wells, R.M. / Jones, C.M. / Xi, Z. / Speer, A. / Danilchanka, O. / Doornbos, K.S. / Sun, P. / Wu, F. / Tian, C. / Niederweis, M.
履歴
登録2012年7月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative membrane protein mmpS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7261
ポリマ－9,7261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative membrane protein mmpS4 / PGB14T-X


分子量: 9725.859 Da / 分子数: 1 / 断片: the soluble domain, UNP residues 52-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mmpS4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A5K2, UniProt: P9WJS9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11133D 1H-13C NOESY
11213D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MmpS4-1, 2mM DTT-2, 50mM sodium phosphate-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2-0.5mM [U-100% 15N] MmpS4-4, 2mM DTT-5, 50mM sodium phosphate-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.2-0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MmpS4-7, 2mM DTT-8, 50mM sodium phosphate-9, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMmpS4-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.2-0.51
2 mMDTT-21
50 mMsodium phosphate-31
mMMmpS4-4[U-100% 15N]0.2-0.52
2 mMDTT-52
50 mMsodium phosphate-62
mMMmpS4-7[U-100% 13C; U-100% 15N]0.2-0.53
2 mMDTT-83
50 mMsodium phosphate-93
試料状態イオン強度: 0.108 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8503

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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