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万見
- PDB-2luv: Structure and Binding Interface of the Cytosolic Tails of aXb2 In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2luv
タイトルStructure and Binding Interface of the Cytosolic Tails of aXb2 Integrin
要素Integrin alpha-X
キーワードCELL ADHESION / MYRISTOYLATED / DPC MICELLES
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of myelination / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions ...positive regulation of endothelial tube morphogenesis / integrin alphaX-beta2 complex / positive regulation of myelination / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / secretory granule membrane / integrin-mediated signaling pathway / animal organ morphogenesis / Cell surface interactions at the vascular wall / receptor tyrosine kinase binding / cell-cell adhesion / positive regulation of angiogenesis / integrin binding / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to virus / cell adhesion / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Chua, G.L. / Tang, X. / Patra, T.A. / Tan, S.M. / Bhattacharjya, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Binding Interface of the Cytosolic Tails of aXb2 Integrin
著者: Chua, G.L. / Tang, X. / Patra, T.A. / Tan, S.M. / Bhattacharjya, S.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9601
ポリマ－3,9601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-X / CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain ...CD11 antigen-like family member C / Leu M5 / Leukocyte adhesion glycoprotein p150 / 95 alpha chain / Leukocyte adhesion receptor p150 / 95


分子量: 3960.423 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic domain, UNP residues 1129-1163 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20702
配列の詳細THIS PEPTIDE IS CHEMICALLY SYNTHESIZED WITH A N-TERMINAL MYRISTATE GROUP.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-13C HSQC
1422D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1200mM [U-99% 2H] DPC-1, 10mM sodium phosphate-2, 10% [U-100% 2H] D2O-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2200mM [U-99% 2H] DPC-4, 10mM sodium phosphate-5, 100% [U-100% 2H] D2O-6, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 mMDPC-1[U-99% 2H]1
10 mMsodium phosphate-21
10 %D2O-3[U-100% 2H]1
200 mMDPC-4[U-99% 2H]2
10 mMsodium phosphate-52
100 %D2O-6[U-100% 2H]2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMR constraintsNOE constraints total: 263 / NOE intraresidue total count: 74 / NOE long range total count: 3 / NOE medium range total count: 96 / NOE sequential total count: 90 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 29 / Protein psi angle constraints total count: 28
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 8.9 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 8.9 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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