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- PDB-2lut: NMR solution structure of midkine-a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lut
タイトルNMR solution structure of midkine-a
要素Midkine-related growth factor
キーワードHORMONE / beta sheet / independent half-domains / disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory epithelium regeneration / neural tube formation / positive regulation of cell division / growth factor activity / heparin binding / regulation of cell cycle / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain ...Heparin-binding Growth Factor, Midkine; Chain A / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain / Pleiotrophin / midkine family / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lim, J. / Yang, D. / Meng, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Functional Characterization of Two Zebrafish Midkine Proteins Reveals Importance of the Conserved Hinge for Heparin Binding and Embryogenesis
著者: Lim, J. / Yao, S. / Meng, D. / Winkler, C. / Yang, D.
履歴
登録2012年6月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Midkine-related growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5491
ポリマ－13,5491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Midkine-related growth factor / Midkine-related growth factor Mdk1 / Pleiotrophin 1 / Uncharacterized protein


分子量: 13548.513 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: mdka, mdk1, plei1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9W767

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Independent half-domains enriched with disulfide bonds and separated by linker.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CO)CA
1413D HNCA
1513D MQ-(H)CCH-TOCSY
16113C/ 15N edited-NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM sodium phosphate, 0.1 mM sodium azide, 100 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphate-11
0.1 mMsodium azide-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMEDTA-41
0.8 mMentity-5[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert P.精密化
NMRPipe1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE distance refinement using CYANA 2.1. Hydrogen bond restraints using H-D exchange experiment
NMR constraintsNOE constraints total: 1869 / NOE intraresidue total count: 763 / NOE long range total count: 389 / NOE medium range total count: 124 / NOE sequential total count: 593 / Hydrogen bond constraints total count: 5 / Protein phi angle constraints total count: 54 / Protein psi angle constraints total count: 54
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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