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- PDB-2lu7: Solution NMR Structure of Ig like domain (1277-1357) of Obscurin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lu7
タイトルSolution NMR Structure of Ig like domain (1277-1357) of Obscurin-like protein 1 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8578D
要素Obscurin-like protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


3M complex / protein localization to Golgi apparatus / cardiac myofibril assembly / cytoskeletal anchor activity / M band / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of mitotic nuclear division / Golgi organization / intercalated disc / cytoskeleton organization ...3M complex / protein localization to Golgi apparatus / cardiac myofibril assembly / cytoskeletal anchor activity / M band / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of mitotic nuclear division / Golgi organization / intercalated disc / cytoskeleton organization / Z disc / microtubule cytoskeleton organization / Neddylation / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Obscurin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pulavarti, S. / Eletsky, A. / Satyamoorthy, B. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. ...Pulavarti, S. / Eletsky, A. / Satyamoorthy, B. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Ig like domain (1277-1357) of Obscurin-like protein 1 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8578D (CASP Target)
著者: Pulavarti, S. / Eletsky, A. / Satyamoorthy, B. / Sukumaran, D.K. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obscurin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1131
ポリマ－9,1131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Obscurin-like protein 1


分子量: 9113.153 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like domain 11 residues 1277-1357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0657, OBSL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: O75147

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1822D 1H-13C HSQC (CT-28 ms) aliphatic
1912D 1H-13C HSQC aromatic
11012D 1H-13C HSQC (CT-16 ms) aromatic
11112D 1H-13C HSQC (CT-27 ms) aliphatic
11213D C(CO)NH-TOCSY
11313D H(CCO)NH-TOCSY
11413D (H)CCH-TOCSY
11513D-(H)CCH-COSY-ali
11613D (H)CCH-COSY-aro
11722D 1H-13C HSQC (CT-56 ms) aliphatic
11813D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.56 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8578D.005, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % NaN3, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.52 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR8578D.006, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.02 % NaN3, 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.56 mMHR8578D.005-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMNaCl-21
5 mMDTT-31
0.02 %NaN3-41
10 mMTris-HCl pH 7.5-51
0.52 mMHR8578D.006-6[U-5% 13C; U-100% 15N]2
100 mMNaCl-72
5 mMDTT-82
0.02 %NaN3-92
10 mMTris-HCl pH 7.5-102
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readsolution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
VnmrJVarianデータ収集
CSI(CSI) Wishart and Sykessecondary structure analysis
PROSA6.4Guntert解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVSBhattacharya, Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY CYANA AND AUTOSTRUCTURE IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS GENERATED FROM ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED BY CYANA AND AUTOSTRUCTURE IN PARALLEL USING NOE-BASED CONSTRAINTS AND PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. CONSENSUS PEAK ASSIGNMENTS GENERATED FROM THESE PARALLEL RUNS WERE SELECTED AND USED FOR FURTHER REFINEMENT WITH CYANA, THE RDC CONSTRAINTS WERE ADDED AT LATER STAGES. A TOTAL OF 20 CONFORMERS OUT OF 100 CONFORMERS WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION WERE SELECTED FOR REFINEMENT WITH CNS USING CNS WATER BATH REFINEMENT.
NMR constraintsNOE constraints total: 1283 / NOE intraresidue total count: 171 / NOE long range total count: 612 / NOE medium range total count: 172 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 32
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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