PDB-2ltf: The solution structure of Phage P2 gpX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ltf

タイトル

The solution structure of Phage P2 gpX

要素

Tail protein X

キーワード

VIRAL PROTEIN / LysM / phage tail

機能・相同性

Phage Tail Protein X-like / Phage Tail Protein X / virus tail, baseplate / Baseplate protein X

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage P2 (ファージ)

手法

溶液NMR / distance geometry

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Maxwell, K.L. / Bona, D. / Chang, T.L. / Edwards, A.M. / Davidson, A.R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural characterization of the phage P2 baseplate
著者: Maxwell, K.L. / Hassanabad, M.F. / Chang, T. / Pirani, N. / Paul, V.D. / Bona, D. / Edwards, A.M. / Davidson, A.R.

履歴

登録	2012年5月22日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ltf.cif.gz	473.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ltf.ent.gz	402 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ltf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/2ltf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/2ltf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bf9-1 3ns5-2 1xee-d 2lts-d 2p0x-d 6mr1-1 6es6-d 2bl8-1 2lrv-d 2k7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18475

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail protein X

7.59 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Tail protein X / GpX 分子量: 7591.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P2 (ファージ) 遺伝子: X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P51772

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HN(CA)CB
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	2D 1H-15N HSQC
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	3D C(CO)NH
1	8	1	2D 1H-13C HSQC
1	9	2	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	10	2	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	11	2	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	12	2	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	13	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	14	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] P2 gpX, 25 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] P2 gpX, 25 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.1 mM	P2 gpX-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
25 mM	sodium phosphate-2		1
200 mM	sodium chloride-3		1
2 mM	DTT-4		1
1.1 mM	P2 gpX-5	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
25 mM	sodium phosphate-6		2
200 mM	sodium chloride-7		2
2 mM	DTT-8		2

試料状態

イオン強度: 200 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software	名称: CYANA / 開発者: Guntert P. / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMR constraints	NOE constraints total: 1144 / NOE long range total count: 307 / NOE medium range total count: 264 / NOE sequential total count: 573
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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