PDB-2lt8: Eurocin solution structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lt8

タイトル

Eurocin solution structure

要素

eurocin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / a/b-fold / Cysteine stabilised

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-lipid complex / other organism cell membrane / immune system process / defense response to Gram-positive bacterium / lipid binding / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Eurotium amstelodami (カビ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Oeemig, J.S. / Lynggaard, C. / Knudsen, D.H. / Hansen, F.T. / Noergaard, K.D. / Schneider, T. / Vad, B.S. / Neve, S. / Kristensen, H. / Sahl, H. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Eurocin, a New Fungal Defensin: STRUCTURE, LIPID BINDING, AND ITS MODE OF ACTION.
著者: Oeemig, J.S. / Lynggaard, C. / Knudsen, D.H. / Hansen, F.T. / Norgaard, K.D. / Schneider, T. / Vad, B.S. / Sandvang, D.H. / Nielsen, L.A. / Neve, S. / Kristensen, H.H. / Sahl, H.G. / Otzen, D.E. / Wimmer, R.

履歴

登録	2012年5月15日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lt8.cif.gz	222.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lt8.ent.gz	184.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lt8_validation.pdf.gz	508.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lt8_full_validation.pdf.gz	543.4 KB	表示
XML形式データ	2lt8_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	2lt8_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/2lt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/2lt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1axh-d 2mrz-d 2m36-d 1bf9-d 2ds7-d 2nz3-d 2n9o-d 1a3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18463

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: eurocin

4.35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	eurocin 分子量: 4348.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eurotium amstelodami (カビ) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: K7N5L0*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	2D 1H-1H TOCSY
1	5	1	2D DQF-COSY
1	6	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1.68 mM eurocin, 95 mM formic acid, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1.68 mM	eurocin-1	1
95 mM	formic acid-2	1

試料状態

pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298.1 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
XEASY	1.5.5	Bartels et al.	chemical shift assignment
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	collection
YASARA	12.1.19	Dr. Elmar Krieger	精密化
ProcheckNMR		Laskowski and MacArthur	structure validation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 276 / NOE intraresidue total count: 97 / NOE long range total count: 56 / NOE medium range total count: 39 / NOE sequential total count: 84 / Protein phi angle constraints total count: 16 / Protein psi angle constraints total count: 17

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.08 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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