PDB-2ls9: Pleurocidin-NH2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ls9

タイトル

Pleurocidin-NH2

要素

Pleurocidin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptide

機能・相同性

Pleurocidin / Pleurocidin family / defense response to bacterium / lipid binding / extracellular region / membrane / Pleurocidin

機能・相同性情報

生物種

Pseudopleuronectes americanus (魚類)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

closest to the average, model 10

データ登録者

Vermeer, L.S. / Kozlowska, J. / Mason, J.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: All Atom Simulations of the Initial Binding of Magainin and Pleurocidin to Membranes Comprising of a Mixture of Anionic and Zwitterionic Lipids
著者: Vermeer, L.S. / Kozlowska, J. / Lorenz, C.D. / Mason, J.A.

履歴

登録	2012年4月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ls9.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ls9.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ls9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ls9_validation.pdf.gz	420.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ls9_full_validation.pdf.gz	505 KB	表示
XML形式データ	2ls9_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2ls9_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/2ls9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/2ls9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lsa
類似構造データ	1y4e-d 2k10-d 2lkq-d 2khf-d 2rpw-1 2rpw-d 1uhy-d 2kfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18418

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pleurocidin

2.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Pleurocidin 分子量: 2718.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudopleuronectes americanus (魚類) / 参照: UniProt: P81941

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 5 mM TRIS, 1 mM pleurocidin, 100 mM [U-2H] SDS, 0.05 % TSP, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
5 mM	TRIS-1		1
1 mM	pleurocidin-2		1
100 mM	SDS-3	[U-2H]	1
0.05 %	TSP-4		1

試料状態

イオン強度: 5 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	構造決定
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
ProcheckNMR	Laskowski and MacArthur	データ解析
AQUA	Rullmann, Doreleijers and Kaptein	データ解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	Goddard	peak picking

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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