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万見
- PDB-2lrr: Solution structure of the R3H domain from human Smubp-2 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lrr
タイトルSolution structure of the R3H domain from human Smubp-2 in complex with 2'-deoxyguanosine-5'-monophosphate
要素DNA-binding protein SMUBP-2
キーワードHYDROLASE / DNA Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / general transcription initiation factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / growth cone / 5'-3' DNA helicase activity ...double-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / general transcription initiation factor binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' RNA helicase activity / ribosome binding / growth cone / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / tRNA binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / axon / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / R3H-like domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...Helicase SMUBP-2/Hcs1-like / DNA-binding protein SMUBP-2, R3H domain / : / Helicase SMUBP-2/HCS1, 1B domain / R3H-like domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / : / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA-binding protein SMUBP-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Jaudzems, K. / Zhulenkovs, D. / Otting, G. / Liepinsh, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for 5'-End-Specific Recognition of Single-Stranded DNA by the R3H Domain from Human Smubp-2
著者: Jaudzems, K. / Jia, X. / Yagi, H. / Zhulenkovs, D. / Graham, B. / Otting, G. / Liepinsh, E.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein SMUBP-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0542
ポリマ－9,7071
非ポリマー3471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein SMUBP-2 / ATP-dependent helicase IGHMBP2 / Glial factor 1 / GF-1 / Immunoglobulin mu-binding protein 2


分子量: 9706.846 Da / 分子数: 1 / 断片: R3H domain residues 711-786 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHMBP2, SMBP2, smubp-2, SMUBP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P38935, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1413D 1H-15N NOESY
1513D HNHA

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試料調製

詳細内容: 0.9 mM [U-99% 15N] Smubp2_R3H, 5.5 mM 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE, 5 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.03 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMSmubp2_R3H-1[U-99% 15N]1
5.5 mM2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-21
5 %D2O-3[U-100% 2H]1
10 mMsodium phosphate-41
100 mMsodium chloride-51
0.03 %sodium azide-61
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.1bVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1359 / NOE intraresidue total count: 347 / NOE long range total count: 431 / NOE medium range total count: 273 / NOE sequential total count: 308
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.34 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0089 Å / Distance rms dev error: 0.0011 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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