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万見
- PDB-2lrq: Chemical Shift Assignment and Solution Structure of Fr822A from D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lrq
タイトルChemical Shift Assignment and Solution Structure of Fr822A from Drosophila melanogaster. Northeast Structural Genomics Consortium Target Fr822A
要素NuA4 complex subunit EAF3 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / Epigenetics / Lid Complex / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes / CEBS
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome separation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / : / histone methyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / chromosome organization / enzyme regulator activity / heterochromatin formation / DNA repair ...chromosome separation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / NuA4 histone acetyltransferase complex / : / histone methyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / chromosome organization / enzyme regulator activity / heterochromatin formation / DNA repair / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain ...MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NuA4 complex subunit EAF3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Lee, H. / Lee, D. / Kohan, E. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Everett, J.K. / Montelione, G. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes (CEBS)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Fr822A from Drosophila melanogaster.
著者: Lee, H.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NuA4 complex subunit EAF3 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0251
ポリマ－10,0251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 NuA4 complex subunit EAF3 homolog / Protein MRG15


分子量: 10025.209 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 11-94 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: MRG15, CG6363 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y0I1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The oligomeric states of the Fr822A were verified by correlation time measurements and concentration dependent studies. The results indicated that the Fr822A self-associates weakly at protein ...詳細: The oligomeric states of the Fr822A were verified by correlation time measurements and concentration dependent studies. The results indicated that the Fr822A self-associates weakly at protein concentration below 1 mM. Using the residual dipolar couplings as well as chemical shift perturbations on dilution, we constructed dimeric models for Fr822A. Possible inter-subunit NOEs were identified based on these models. In cases where corresponding NOEs were ambiguous with intra-molecular NOEs, they were eliminated as constraints and the protein structure recalculated. The absence of structural variation and the failure to observed other predicted inter-subunit NOEs validated use of all NOEs as intra-subunit constraints.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D HBHA(CO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-15N NH-J-Modulation-HSQC
11522D 1H-15N NH-J-Modulation-HSQC
11632D 1H-15N NH-J-Modulation-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Fr822A, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.9 mM [U-100% 15N] Fr822A, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 12 mg Pf1 phage, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.9 mM [U-100% 15N] Fr822A, 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 4.2 % C12E5, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMFr822A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMDTT-41
0.9 mMFr822A-5[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-62
200 mMsodium chloride-72
12 mg/mLPf1 phage-82
5 mMDTT-92
0.9 mMFr822A-10[U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate-113
200 mMsodium chloride-123
4.2 %C12E5-133
5 mMDTT-143
試料状態イオン強度: 200 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.14Goddardchemical shift assignment
Sparky3.14Goddardデータ解析
VnmrJ2.1BVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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