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- PDB-2lrk: Solution Structures of the IIA(Chitobiose)-HPr complex of the N,N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lrk
タイトルSolution Structures of the IIA(Chitobiose)-HPr complex of the N,N'-Diacetylchitobiose
要素
  • N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
  • Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSFERASE / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-phosphocysteine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase system transporter activity / N,N'-diacetylchitobiose import / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity ...protein-phosphocysteine-N,N'-diacetylchitobiose phosphotransferase system transporter activity / N,N'-diacetylchitobiose import / phosphotransferase activity, nitrogenous group as acceptor / antisigma factor binding / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of carbon utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / enzyme inhibitor activity / enzyme regulator activity / enzyme activator activity / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphocarrier protein HPr-like ...Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIA subunit / PTS_EIIA type-3 domain profile. / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / HPr-like / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / : / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Histidine-containing Protein; Chain: A; / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein HPr / PTS system N,N'-diacetylchitobiose-specific EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cai, M. / Jung, Y. / Clore, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Solution Structure of the IIAChitobiose-HPr Complex of the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia coli Phosphotransferase System.
著者: Jung, Y.S. / Cai, M. / Clore, G.M.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Phosphocarrier protein HPr
A: N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
B: N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase enzyme IIA component
C: N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase enzyme IIA component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8714
ポリマ－42,8714
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9129.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsH, hpr, b2415, JW2408 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AA04, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#2: タンパク質 N,N'-diacetylchitobiose-specific phosphotransferase enzyme IIA component / EIIA-Chb / EIII-Chb / PTS system N / N'-diacetylchitobiose-specific EIIA component


分子量: 11247.152 Da / 分子数: 3 / Fragment: PTS EIIA type-3 residues 14-116 / Mutation: H76E, D79L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: chbA, celC, b1736, JW1725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P69791, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(COCA)CB
1413D HNCA
151c13-c12 edited/filted NOESY
1622D 1H-15N HSQC
1723D CBCA(CO)NH
1823D HN(COCA)CB
1923D HNCA
1102c13-c12 edited/filted NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 15N] HPr/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 15N] HPr/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMHPr/IIAChb complex-1[U-100% 15N]1
1.0 mMHPR/IIAChb complex-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMHPR/IIAChb complex-3[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMHPr/IIAChb complex-4[U-100% 15N]2
1.0 mMHPR/IIAChb complex-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.0 mMHPR/IIAChb complex-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloreデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: conjoined rigid body/torsion angle simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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