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万見
- PDB-2lrj: NMR solution structure of staphyloxanthin biosynthesis protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lrj
タイトルNMR solution structure of staphyloxanthin biosynthesis protein
要素Staphyloxanthin biosynthesis protein, putative
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Staphyloxanthin biosynthesis protein, putative / Staphyloxanthin biosynthesis protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Zhang, Y. / Winsor, J. / Anderson, W. / Radhakrishnan, I. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of a putative S. aureus enzyme involved in the biosynthesis of staphyloxanthin
著者: Zhang, Y. / Winsor, J. / Anderson, W. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2012年4月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Staphyloxanthin biosynthesis protein, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7231
ポリマ－11,7231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Staphyloxanthin biosynthesis protein, putative


分子量: 11722.541 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 55-166 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: subsp. aureus COL / 遺伝子: SACOL2295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HDQ5, UniProt: A0A0H2X0D9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: CSGID target number: IDP00632
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY aliphatic
11023D (H)CCH-COSY
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1137 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 2 mM potassium phosphate, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2137 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 10 mM sodium phosphate, 2 mM potassium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
137 mMsodium chloride-11
5 mMbeta-mercaptoethanol-21
2 mMpotassium phosphate-31
10 mMsodium phosphate-41
137 mMsodium chloride-52
5 mMbeta-mercaptoethanol-62
10 mMsodium phosphate-72
2 mMpotassium phosphate-82
試料状態イオン強度: 0.137 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readchemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard精密化
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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