PDB-2lr9: High-resolution solution NMR structure of the rho-conotoxin TIA.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lr9

タイトル

High-resolution solution NMR structure of the rho-conotoxin TIA.

要素

Rho-conotoxin TIA

キーワード

TOXIN / rho-conotoxin

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Rho-conotoxin TIA

機能・相同性情報

生物種

Conus tulipa (シロアンボイナ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Rosengren, K. / Lewis, R.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conopeptide rho-TIA defines a new allosteric site on the extracellular surface of the alpha 1B-adrenoceptor.
著者: Ragnarsson, L. / Wang, C.I. / Andersson, A. / Fajarningsih, D. / Monks, T. / Brust, A. / Rosengren, K.J. / Lewis, R.J.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lr9.cif.gz	117 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lr9.ent.gz	80.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/2lr9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ien
類似構造データ	1ien-d 6img-d 1zlc-d 1jjz-d 2kuk-d 1rij-d 1l2y-d 6dze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18354

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rho-conotoxin TIA

2.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with acceptable covalent geometry
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Rho-conotoxin TIA / Rho-TIA 分子量: 2399.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Peptide was made synthetically through solid phase peptide chemistry. 由来: (合成) Conus tulipa (シロアンボイナ) / 参照: UniProt: P58811
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: Refined solution NMR structure of the rho-conotoxin TIA.

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mg/mL conotoxin TIA-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mg/mL / 構成要素: conotoxin TIA-1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
XEASY		Bartels et al.	データ解析
XEASY		Bartels et al.	peak picking
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structures were calculated using torsion angle dynamics within CNS. The structures were subsequently refined and energy minimized using restrained Cartesian molecular dynamics in explicit water.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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