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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lqq | ||||||
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タイトル | Oxidized Mrx1 | ||||||
要素 | Putative glutaredoxin Rv3198.1/MT3292 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Trx fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / 酸化還元酵素 / cell redox homeostasis / electron transfer activity / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model 1 | ||||||
データ登録者 | Buts, L. / Van Laer, K. / Messens, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012 タイトル: Mycoredoxin-1 is one of the missing links in the oxidative stress defence mechanism of Mycobacteria. 著者: Van Laer, K. / Buts, L. / Foloppe, N. / Vertommen, D. / Van Belle, K. / Wahni, K. / Roos, G. / Nilsson, L. / Mateos, L.M. / Rawat, M. / van Nuland, N.A. / Messens, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lqq.cif.gz | 508.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lqq.ent.gz | 428.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lqq_validation.pdf.gz | 540.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lqq_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2lqq_validation.xml.gz | 116.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lqq_validation.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lqq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2lqoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10030.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv3198.1, MT3292, Rv3198A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8VJ51, UniProt: P9WN17*PLUS, 酸化還元酵素 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.8-1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] oxidized Mrx1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 単位: mM / 構成要素: oxidized Mrx1-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] / Conc. range: 0.8-1.0 |
試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1421 / NOE intraresidue total count: 308 / NOE long range total count: 412 / Protein phi angle constraints total count: 66 / Protein psi angle constraints total count: 66 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |