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- PDB-2lqh: NMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lqh
タイトルNMR structure of FOXO3a transactivation domains (CR2C-CR3) in complex with CBP KIX domain (2b3l conformation)
要素
  • CREB-binding protein
  • Forkhead box O3
キーワードTRANSCRIPTION / promiscuous binding / intrinsic disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / mitochondrial transcription factor activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / mitochondrial transcription factor activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cellular response to corticosterone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / response to water-immersion restraint stress / ovulation from ovarian follicle / neuronal stem cell population maintenance / Estrogen-dependent gene expression / regulation of neural precursor cell proliferation / CD209 (DC-SIGN) signaling / mitochondrial transcription / response to fatty acid / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / Signaling by NODAL / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / brain morphogenesis / MRF binding / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / oocyte maturation / face morphogenesis / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / antral ovarian follicle growth / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to starvation / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / response to dexamethasone / TFIIB-class transcription factor binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / histone acetyltransferase complex / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of neuron differentiation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / canonical Wnt signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / cellular response to glucose starvation / histone acetyltransferase / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of autophagy / FLT3 Signaling / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of cell migration / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway
類似検索 - 分子機能
FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / Coactivator CBP, KIX domain / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / Coactivator CBP, KIX domain / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein O3 / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wang, F. / Marshall, C.B. / Yamamoto, K. / Li, G.B. / Gasmi-Seabrook, G.M.C. / Okada, H. / Mak, T.W. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structures of KIX domain of CBP in complex with two FOXO3a transactivation domains reveal promiscuity and plasticity in coactivator recruitment.
著者: Wang, F. / Marshall, C.B. / Yamamoto, K. / Li, G.Y. / Gasmi-Seabrook, G.M. / Okada, H. / Mak, T.W. / Ikura, M.
履歴
登録2012年3月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Forkhead box O3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5622
ポリマ－15,5622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 断片: KIX domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp, Cbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 Forkhead box O3 / FOXO3a


分子量: 5208.519 Da / 分子数: 1 / 断片: Transactivation domains (CR2C-CR3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43524*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D 1H-15N NOESY
1622D 1H-13C HSQC
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D 1H-13C NOESY
1932D 1H-15N HSQC
11033D HNCO
11133D HN(CA)CB
11233D CBCA(CO)NH
11333D 1H-15N NOESY
11442D 1H-13C HSQC
11543D (H)CCH-TOCSY
11643D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] KIX, 0.6 mM CR2C-CR3, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
30.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CR2C-CR3, 0.6 mM KIX, 20 mM MES, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMKIX-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCR2C-CR3-21
20 mMMES-31
50 mMsodium chloride-41
1 mMDTT-51
0.6 mMKIX-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.6 mMCR2C-CR3-72
20 mMMES-82
50 mMsodium chloride-92
1 mMDTT-102
0.6 mMCR2C-CR3-11[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.6 mMKIX-123
20 mMMES-133
50 mMsodium chloride-143
1 mMDTT-153
0.6 mMCR2C-CR3-16[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.6 mMKIX-174
20 mMMES-184
50 mMsodium chloride-194
1 mMDTT-204
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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