PDB-2lpx: Solution Structure of Strawberry Allergen Fra a 1e

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lpx

タイトル

Solution Structure of Strawberry Allergen Fra a 1e

要素

Major strawberry allergen Fra a 1-E

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Bet v 1 homologous protein

機能・相同性

機能・相同性情報

flavonoid binding / flavonoid biosynthetic process / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Fragaria x ananassa (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Seutter von Loetzen, C. / Hartl-Spiegelhauer, O. / Schweimer, K. / Schwab, W. / Roesch, P.

引用

ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2012
タイトル: Solution structure of the strawberry allergen Fra a 1.
著者: Seutter von Loetzen, C. / Schweimer, K. / Schwab, W. / Rosch, P. / Hartl-Spiegelhauer, O.

履歴

登録	2012年2月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lpx.cif.gz	961.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lpx.ent.gz	810.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lpx_validation.pdf.gz	548.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lpx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2lpx_validation.xml.gz	117.5 KB	表示
CIF形式データ	2lpx_validation.cif.gz	140 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/2lpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/2lpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hrf-d 2zo1-3 7acd-1 2fbt-d 4tlf-2 6wea-4 5xj9-d 1ayk-d 6nko-4 2m04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18281

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major strawberry allergen Fra a 1-E

19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 120	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Major strawberry allergen Fra a 1-E 分子量: 19012.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria x ananassa (植物) / 遺伝子: FRAA1E.2, FRAA1E.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q256S2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
1	3	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D CBCA(CO)NH
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	3D C(CO)NH
1	10	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	11	1	3D CCH-TOCSY
1	12	1	3D 1H-15N NOESY
1	13	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	14	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

内容: 700 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 150 mM sodium chloride, 20 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
700 uM	entity-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
150 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	HEPES-3		1

試料状態

pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.6	Bruker Biospin	collection
NMRView		Johnson, One Moon Scientific	データ解析
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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