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万見
- PDB-2lp1: The solution NMR structure of the transmembrane C-terminal domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lp1
タイトルThe solution NMR structure of the transmembrane C-terminal domain of the amyloid precursor protein (C99)
要素C99
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AMYLOID PRECURSOR PROTEIN C-TERMINAL FRAGMENT / ALZHEIMER'S DISEASE / AMYLOID-BETA PRECURSOR / TRANSMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / positive regulation of protein metabolic process / dendrite development / TRAF6 mediated NF-kB activation / modulation of excitatory postsynaptic potential / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / The NLRP3 inflammasome / negative regulation of long-term synaptic potentiation / main axon / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / regulation of presynapse assembly / ECM proteoglycans / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / platelet alpha granule lumen / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / adult locomotory behavior / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / dendritic shaft / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / microglial cell activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / synapse organization / cellular response to nerve growth factor stimulus / visual learning / recycling endosome / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of inflammatory response / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 5
データ登録者Barrett, P.J. / Song, Y. / Van Horn, W.D. / Hustedt, E.J. / Schafer, J.M. / Hadziselimovic, A. / Beel, A.J. / Sanders, C.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The amyloid precursor protein has a flexible transmembrane domain and binds cholesterol.
著者: Barrett, P.J. / Song, Y. / Van Horn, W.D. / Hustedt, E.J. / Schafer, J.M. / Hadziselimovic, A. / Beel, A.J. / Sanders, C.R.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C99


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8021
ポリマ－13,8021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 C99 / Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Cerebral vascular ...Amyloid beta A4 protein / ABPP / APPI / APP / Alzheimer disease amyloid protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 13801.766 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 683-728 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A4, AD1, APP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05067

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC-TROSY
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D HN(COCA)CB
1613D HNCO
1713D gnoesyNhsqc
NMR実験の詳細Text: All 2D and 3D experiments were TROSY based. For the RDC data collection, the TROSY/Semi-TROSY method was used.

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試料調製

詳細内容: 10 % lyso myristoyl phosphatidylglycerol, 10 % [U-2H] D2O, 100 mM imidazole, 250 uM [U-100% 15N] APP_C99, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-11
10 %D2O-2[U-2H]1
100 mMimidazole-31
250 uMAPP_C99-4[U-100% 15N]1
1 mMEDTA-51
10 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-62
10 %D2O-7[U-2H]2
100 mMimidazole-82
250 uMAPP_C99-9[U-100% 15N]2
1 mMEDTA-102
10 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-113
10 %D2O-12[U-2H]3
100 mMimidazole-133
250 uMAPP_C99-14[U-100% 15N]3
1 mMEDTA-153
10 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-164
10 %D2O-17[U-2H]4
100 mMimidazole-184
250 uMAPP_C99-19[U-100% 15N]4
1 mMEDTA-204
10 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-215
10 %D2O-22[U-2H]5
100 mMimidazole-235
250 uMAPP_C99-24[U-15N; U-2H]5
7 %Acrylamide-255
0.5 %AMPS-265
1 mMEDTA-275
9 %lyso myristoyl phosphatidylglycerol-286
1 mMAPP_C99-29[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]6
10 %D2O-30[U-2H]6
2.5 mMEDTA-316
250 mMimidazole-326
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX8001
Bruker AMXBrukerAMX6002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRDrawLinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
Sparky3.114Goddardデータ解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardpeak picking
NMRPipeLinux9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSLinux9Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TALOSLinux9Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthur構造決定
TopSpin3Bruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING, FOLLOWED BY POWELL ENERGY MINIMIZATION
NMR constraintsNOE constraints total: 65 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 22 / NOE sequential total count: 43 / Hydrogen bond constraints total count: 13 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 33 / Protein psi angle constraints total count: 32
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.351 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0.56 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / Torsion angle constraint violation method: NIH Xplor
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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