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万見
- PDB-2lp0: The solution structure of homeodomain-protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lp0
タイトルThe solution structure of homeodomain-protein complex
要素
  • Geminin
  • Homeobox protein Hox-C9
キーワードTRANSCRIPTION/CELL CYCLE / homeodomain / TRANSCRIPTION-CELL CYCLE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / embryonic skeletal system morphogenesis / proximal/distal pattern formation / aggresome / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of DNA replication ...DNA replication preinitiation complex assembly / Switching of origins to a post-replicative state / negative regulation of DNA-templated DNA replication / embryonic skeletal system morphogenesis / proximal/distal pattern formation / aggresome / positive regulation of chromatin binding / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of DNA replication / regulation of DNA replication / negative regulation of cell cycle / Activation of the pre-replicative complex / regulation of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / Assembly of the pre-replicative complex / animal organ morphogenesis / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hox9, N-terminal activation domain / Homeobox protein HXA9/HXB9/HXC9 / Hox9 activation region / Geminin/Multicilin / Geminin / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. ...Hox9, N-terminal activation domain / Homeobox protein HXA9/HXB9/HXC9 / Hox9 activation region / Geminin/Multicilin / Geminin / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geminin / Homeobox protein Hox-C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, C. / Zhou, B. / Xu, Z. / Zhu, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for homeodomain recognition by the cell-cycle regulator Geminin
著者: Zhou, B. / Liu, C. / Xu, Z. / Zhu, G.
履歴
登録2012年1月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein Hox-C9
B: Geminin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0692
ポリマ－10,0692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein Hox-C9 / Homeobox protein Hox-3B


分子量: 7739.212 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 192-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HOXC9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31274
#2: タンパク質・ペプチド Geminin


分子量: 2330.237 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 171-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMNN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75496

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1422D 1H-13C HSQC
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1833D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11033D 1H-13C NOESY aliphatic
11123D HNCO
11223D CBCA(CO)NH
11323D HN(CA)CB
11423D 1H-15N NOESY
11543D 1H-13C NOESY aliphatic
11643D (H)CCH-TOCSY
11733D 13C-FILTERED 13C-EDITED NOESY
11843D 13C-FILTERED 13C-EDITED NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hox-C9-1, 1.0 mM Geminin-2, 25 mM potassium phosphate-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM DTT-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM Hox-C9-6, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Geminin-7, 25 mM potassium phosphate-8, 100 mM sodium chloride-9, 5 mM DTT-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Hox-C9-11, 1.0 mM Geminin-12, 25 mM potassium phosphate-13, 100 mM sodium chloride-14, 5 mM DTT-15, 100% D2O100% D2O
41.0 mM Hox-C9-16, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Geminin-17, 25 mM potassium phosphate-18, 100 mM sodium chloride-19, 5 mM DTT-20, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMHox-C9-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.0 mMGeminin-21
25 mMpotassium phosphate-31
100 mMsodium chloride-41
5 mMDTT-51
1.0 mMHox-C9-62
0.8 mMGeminin-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMpotassium phosphate-82
100 mMsodium chloride-92
5 mMDTT-102
0.8 mMHox-C9-11[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.0 mMGeminin-123
25 mMpotassium phosphate-133
100 mMsodium chloride-143
5 mMDTT-153
1.0 mMHox-C9-164
0.8 mMGeminin-17[U-100% 13C; U-100% 15N]4
25 mMpotassium phosphate-184
100 mMsodium chloride-194
5 mMDTT-204
試料状態イオン強度: 0.125 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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