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万見
- PDB-2lo8: Structural Basis for Bifunctional Zn(II) Macrocyclic Complex Reco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lo8
タイトルStructural Basis for Bifunctional Zn(II) Macrocyclic Complex Recognition of Thymine Bulges in DNA
要素DNA_(5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')_
キーワードDNA / thymine bulge / hairpin / Bifunctional Zn(II) Macrocyclic Complex
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Morrow, J.R. / Fountain, M.A. / del Mundo, I.A. / Siter, K.E.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Bifunctional Zinc(II) Macrocyclic Complex Recognition of Thymine Bulges in DNA.
著者: Del Mundo, I.M. / Siters, K.E. / Fountain, M.A. / Morrow, J.R.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA_(5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')_


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0461
ポリマ－3,0461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 1000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA_(5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')_


分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure determined using NOE distance restraints for the Zn(cy4q)DNA complex. Structure presented without the Zn(cy4q) ligand.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
2422D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3'), 100% D2O100% D2O
22.0 mM DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3'), 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.6 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')-11
2.0 mMDNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*C)-3')-22
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.17.5ambient 293 K
20.17.5ambient 5 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
Sparky3.14Goddardchemical shift assignment
Sparky3.14Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 4 / NA beta-angle constraints total count: 4 / NA chi-angle constraints total count: 8 / NA delta-angle constraints total count: 6 / NA epsilon-angle constraints total count: 4 / NA gamma-angle constraints total count: 4 / NA other-angle constraints total count: 0 / NA sugar pucker constraints total count: 0 / NOE constraints total: 118 / NOE long range total count: 64
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 2.05 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 18 / Maximum lower distance constraint violation: 0.28 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 6.6 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.28 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0202 Å / Distance rms dev error: 0.0047 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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